Территория Миссури (англ. Territory of Missouri) — инкорпорированная организованная территория США, существовавшая с 4 июня 1812 года по 10 августа 1821 года. Юго-восточная часть территории была принята в состав США как штат Миссури.
Луизианская покупка, по которой в 1803 году США получили право на огромную территорию вдоль долины Миссисипи, на которой сейчас располагается более десяти штатов, была преобразована в организованную инкорпорированную территорию Луизиана. Находящаяся южнее неё Орлеанская территория 4 июня 1812 года вошла в состав США как штат Луизиана, а территория Луизиана со столицей в Сент-Луисе во избежание путаницы была преобразована в территорию Миссури. Территория играла огромную роль как пограничная, буферная между США и западом континента. По той же причине она была постоянной ареной конфликта интересов и военных столкновений между белыми колонистами и индейскими племенами.
До своей смерти в 1809 году губернатором территории Луизиана был Мериуэзер Льюис, один из организаторов экспедиции Льюиса и Кларка. Новым губернатором после самоубийства Льюиса был назначен Бенджамин Хоуард, прибывший в Сент-Луис в 1810 году. Хоуард и стал первым губернатором территории Миссури. В 1812 году во время англо-американской войны 1812 года Хоуард ушёл в отставку и принял участие в войне в ранге бригадного генерала. Он умер, возвращаясь после войны в Сент-Луис. Вторым и последним губернатором территории Миссури стал Уильям Кларк, второй организатор экспедиции Льюиса и Кларка. При нём Миссури получил статус штата.
После образования территории Миссури была существенно изменена её политическая система. Так, Конгресс США образовал двухпалатный парламент территории. Палата представителей была выборной, Сенат (законодательный совет) состоял из членов, выдвинутых Палатой представителей территории, и утверждённых президентом США. Губернатора также назначал президент США. Политические права жителей территории мало отличались от прав жителей штатов США, и как население Сент-Луиса, так и конгресс США предполагали, что в обозримом будущем территория Миссури или её часть должны стать штатом.