Токийская православная духовная семинария (東京正教神学院) — высшее учебное заведение Японской православной церкви, готовящее священно- и церковнослужителей.
Сознавая, сколь необходима для будущих кандидатов священства научная подготовка, Николай Японский вскоре приступил к устройству духовной семинарии. Специально для этого поблизости от миссийских зданий он приобрёл несколько деревянных домиков, и их оборудовали под семинарию. Здесь же устроили и общежитие для учеников. Занятия начались в 1875 году. Семилетняя программа обучения в семинарии была аналогичной российским семинариям, но без преподавания классических языков. Принимались лица от 14 и до 60 лет. Однако со временем, чтобы семинаристов, которым исполнился 21 год, не привлекали на военную службу в период учёбы, в семинарию стали принимать с 13 лет[1]. Наряду с богословским образованием семинария давала знание истории (российской и японской) и непременных для японцев китайских классиков. В программу входили также и ряд общеобразовательных предметов: алгебра, геометрия, география, психология, история философии[2].
В Семинарию японцы поступали обычно до крещения[3]. В первые пять из семи лет обучения, давалось образование подобное университетскому. Уровень преподавания был настолько высок, что даже высокопоставленные японские чиновники отправляли туда своих детей[4]. После 5-го курса, когда начиналось углублённое изучение богословских дисциплин, оставались только принявшие крещение. С 5-го курса студентам вменялось в обязанность самостоятельно проповедовать. В период конца XIX — начала XX века лучшие выпускники семинарии направлялись в Санкт-Петербургскую духовную Академию по окончании которой возвращались в качестве преподавателей и священнослужителей в Японию.
Первым ректором семинарии был сам Николай Японский, а первыми преподавателями русские члены Миссии: священники Гавриил Чаев (1870—1873); Владимир (Соколовский) (1879—1886), Гедеон (Покровский) (1885—1887), Сергий Глебов (1888—1904), Сергий (Страгородский) (1890—1894 и 1898)[1]. Архиепископ Николай преподавал в течение долгих лет догматическое богословие и впоследствии передал это дело ставшему ректором семинарии И. А. Сэнума, который получил высшее богословское образование в России. Из окончивших духовные академии в России в ней преподавали также Арсений Ивасава и Марк Саикаиси. Остальные преподаватели, её выпускники, прошли подготовительный к преподаванию курс при самой семинарии[5]. Делами семинарии ведал совет преподавателей, который представлял все свои соображения и нужды на рассмотрение и утверждение Владыки Николая, до самых последних дней жизни уделявшего пристальное внимание семинарии, а её ректор почти ежедневно обязан был являться к нему с докладом[6].
В 1882 году для семинарии было построено здание. В 1897 году она переехала в новое здание, построенное на средства, пожертвованные будущим императором Николаем II во время его путешествия по Японии в 1891 году[3].