Длина реки составляет 322 км, на территории её бассейна (16840 км²) проживает около 12,79 млн человек[2][3][4]. Тоне является второй по длине японской рекой и первой по площади бассейна[3]. Согласно японской классификации, Тоне является рекой первого класса[2].
Исток реки находится на высоте 1834 м, у горы Оминаками (яп. 大水上山, высотой 1831 м) в префектуре Гумма, на территории уезда Тоне. Река течёт среди гор на юг, по пути в неё впадают притоки Акая (赤谷川), Катасина (片品川) и Агацума (吾妻川), после чего в городе Маэбаси река поворачивает на юго-восток. Ниже Маэбаси река объединяется с притоком Карасу (烏川), в который впадают Усуи, Кабура и Канна. Далее в Тоне впадают Хиросе (広瀬川) и Кояма (小山川), а у Курихаси — река Ватарасе[5][6].
В городе Нода от реки ответвляется рукав Эдогава, впадающий в Токийский залив. Ниже Тоне течёт через город Мория, где в неё впадает Кину, и город Ториде, где в неё впадает Кокай. В Камису в Тоне впадает вытекающая из озера Касумигаура река Хитатитоне (常陸利根川), после чего река впадает главным руслом в Тихий океан в городе Тёси[5].
Около 68 % бассейна реки занимает природная растительность, около 23 % — сельскохозяйственные земли, около 8 % застроено[2].
Среднегодовой расход воды составляет 250 м³/с (Фукава, 布川), максимальный зарегистрированный — 17000 м³/с (Яттадзима, 八斗島, максимальный рассчитанный там расход — около 22000 м³/с, в сентябре 1947 года)[7][8][9].
Крупнейшими притоками реки являются Кину (длина — 176,7 км, площадь бассейна — 1760,6 км²), Кокай (длина — 111,8 км, площадь бассейна — 1043,1 км²), Ватарасе (длина — 107,6 км, площадь бассейна — 2621,4 км²), Канна (длина — 87,4 км, площадь бассейна — 407 км²), Агацума (длина — 76,2 км, площадь бассейна — 1352 км²), Карасу (длина — 61,8 км, площадь бассейна — 470 км²) и Катасина (длина — 60,8 км, площадь бассейна — 673,3 км²)[10][9].