Третий сезон «Губка Боб Квадратные Штаны» транслировался с 5 октября 2001 по 11 октября 2004. В России 3 сезон транслировался на Nickelodeon с 2 октября 2004 по 3 июля 2005. Он состоит из 20 эпизодов.
20 сентября 2000 года мультсериал был продлён на третий сезон[1]. Шоураннером и исполнительным продюсером сезона был Стивен Хилленберг[2].
В 2002 году после завершения производства третьего сезона Хилленберг и сотрудники мультсериала решили приостановить работу над проектом, чтобы сосредоточиться над фильмом «Губка Боб Квадратные Штаны»[3]. Во время «перерыва» «Nickelodeon» расширил программу для третьего сезона, чтобы покрыть задержку, однако, по словам ныне бывшего исполнительного директора «Nickelodeon» Эрика Коулмэна, «безусловно были задержка и накопившийся спрос»[4]. «Nickelodeon» объявил, что будет показано девять «пока ещё не вышедших в эфир» полных эпизодов[5].
Как только фильм был закончен, Хилленберг хотел завершить мультсериал, так как не хотел, чтобы он «прыгал через акулу», но желание Nickelodeon выпускать больше серий препятствовало этому[4][6]. Поначалу Хилленберг даже сомневался, что канал продолжит мультсериал без него, считая, что «руководителям Nickelodeon очень важен его вклад»[7]. В итоге, Стивен ушёл с поста шоураннера сериала и назначил на эту должность Пола Тиббита, который ранее был сценаристом и художником раскадровки[8]. Хилленберг считал Тиббита одним из своих любимых членов съёмочной группы шоу и «полностью доверял ему»[1][6]. Хилленберг перестал каждый день быть в студии, но он по-прежнему имел должность исполнительного продюсера, а также просматривал каждый эпизод и вносил свои предложения[9][10]. В начале 2005 года Том Кенни, Билл Фагербакки и остальная команда подтвердили, что они завершили четыре новых эпизода для нового сезона[11].
Раскадровка делалась на студии «Nickelodeon Animation Studio» (Бербанк, штат Калифорния), а анимация — за границей, в студии «Rough Draft Studios» в Южной Корее[6][12]. Раскадровку третьего сезона делали: Аарон Спрингер, К. Х. Гринблатт, Джей Лендер, Сэм Хэндерсон, Пол Тиббит, Кент Осборн, Марк О’Хэр, Уолт Дорн, Каз, Уильям Рейсс, Эрик Визе, Чак Клейн, Дэн Повенмайр, Калеб Мойрер, Карсон Куглер, Майк Рот, Хезер Мартинес и Зеус Цервас[13]. Над анимацией работали: Том Ясуми, Фрэнк Вайсс, Эндрю Овертум и Шон Демпси[13].
Главным сценаристом третьего сезона была Мерриуизер Уильямс[13]. Над сценариями также работали Марк О’Хэйр и Кент Осборн, в частности: Аарон Спрингер, К. Х. Гринблатт, Джей Лендер, Сэм Хэндерсон, Пол Тиббит, Уолт Дорн, Каз и Джо Лисс[13].