Впервые попытка создания Философского общества в Санкт-Петербурге была предпринята известными философами В. С. Соловьёвым, М. И. Каринским, Э. Л. Радловым, историком К. Н. Бестужевым-Рюминым, славянофилом А. А. Киреевым в 1879—1880 годах. На квартире директора департамента государственного казначейства Ф. Г. Тернера, в доме № 16 у Певческого моста, 15 февраля 1880 года предполагавшимся его учредителям был представлен проект Устава намечавшегося «Общества любителей философских знаний». Но после убийства Александра II в марте 1881 года министр внутренних дел граф Д. А. Толстой отказал в регистрации «ненужного», по его мнению, общества.
Возвращение к идее создания в Петербурге философского общества произошло в 1897 году. Инициатива создания общества принадлежала теперь М. В. Безобразовой, дочери академика В. П. Безобразова. Организационные обязанности по созданию общества взял на себя историко-филологический факультет Санкт-Петербургского университета. Проект устава Общества, выработанный 25 марта 1897 года на собрании в университете, в котором участвовали А. И. Введенский, Н. Г. Дебольский, И. В. Помяловский, Э. Л. Радлов, B. C. Соловьёв, A. C. Фаминцын, О. Д. Хвольсон, был разослан предполагавшимся учредителям. Среди подписавших его 80 человек были представители различных интеллектуальных профессий: ботаник А. Н. Бекетов, историк В. Г. Васильевский, невропатолог С. Н. Данилло, филологи В. К. Ернштедт и Р. О. Ланге, юрист В. В. Ефимов, педагог-просветитель И. Я. Образцов, A. A. Смирнов.
«Устав Философского общества при Императорском Санкт-Петербургском университете» был утверждён министром народного просвещения И. Д. Деляновым 22 октября 1897 года. Первое собрание членов-учредителей философского общества, на котором присутствовало 47 членов-учредителей, состоялось 7 декабря 1897 года. На нём председателем Общества был избран профессор А. И. Введенский, из-за отказа которого делами общества управлял Совет, членами которого были избраны: академик A. C. Фаминцын, профессор Военно-медицинской Академии В. М. Бехтерев, Э. Л. Радлов (товарищ председателя), Я. Н. Колубовский (казначей), А. П. Нечаев (секретарь), И. И. Лапшин (библиотекарь). В 1898 года председателем общества вновь был переизбран А. И. Введенский, который на этот раз дал своё согласие. Вскоре И. И. Лапшин и А. П. Нечаев уехали в заграничные командировки и вместо них в Совет были избраны В. С. Серебреников и Л. В. Рутковский.
Число членов за первые полтора года увеличилось с 80 до 156 человек. В 1900 году произошло изменение некоторых параграфов устава общества; в частности, изменен параграф, определяющий число членов совета: вместо шести их стало девять.