Село расположено на юго-западе от районного центра Леваши. Ближайшие сёла: на северо-востоке — Орада Чугли и Хахита, на северо-западе — Аймаки и Гергебиль, на юге — Цудахар, на юго-востоке — Цухта, на юго-западе — Мегеб и Салта[4].
Село Хаджалмахи появилось как отселок селения Цудахар[1] примерно в конце XV – начале XVI века, название своё получило от имени первого поселенца Хужа[13], который начал строительство села и вернул людей из пещер. «Хужа появился и начал строить село в конце XV в начале XVI века». Долгое время село называли Худжал-ая, а не Хаджалмахи. Дословно если перевести с цудахарского диалекта даргинского языка «ая» — это аул, смысловой перевод «Худжал-ая» — это аул, в котором живут потомки Хужа, «Хужала» — это притяжательное наклонение от имени Хужа, соответственно «Хужала мащи» — это «отселок (поселение) Хужа». Впоследствии из-за сложности произношения на русском языке «Хужала мащи» или «Худжал-ая» появился своеобразный облегчённый для произношения на русском языке симбиоз обоих названий села («Худжал-ая» и «Хужала мащи») — «Хаджалмахи».
Первоначально село находилось на возвышенности, обосновывалось это необходимостью защиты села от нападений, происходивших нередко в те времена.
Но вот мы вступили в Хаджалмаки. Красивее этой огромной акушинской деревни я ещё не видел. Она стоит на левой стороне ущелья, на высоком бугре, и чистые и белые её сакли живописно выставляются из за густой зелени садов, с трёх сторон её окружающих. Местоположение разделило эту деревню на части, из которых иные, имея не более пяти домов , тесно соединённых между собой и с возвышающимися четвероугольными башнями, очень бы годились для какой-нибудь сцены из рыцарских романов. При проход нашем чрез деревню, мужчины группами сидели на площадках около домов и спокойно на нас смотрели. Иные были одеты в описанных уже мной шубы, друге в чухах, а большая часть просто в синих или зелёных рубашках, совершенного русского покроя, надетых поверх шальвар и подвязанных поясом. Все они были без оружия, дебелые, рослые, мускулистые, а иные из них толстые как наши мясники
В 1847 году царские войска построили военное укрепление на этой местности[14], переселив жителей, проживающих там, в более низменную местность «шарли».
Во время Кавказской войны аул был разрушен, в 1871—72 годах Александр II проехал по всему Кавказу. 10 сентября 1871 года царь останавливался в селе Хаджалмахи[15]. Планировавшаяся как триумфальная поездка императора, показала ему разрушенные аулы, вырубленные сады, голые поля, тощие стада и бездорожье. Как бы ни готовились к приезду императора, но скрыть было всё это невозможно.