Хендрик Сепп (эст. Hendrik Sepp, 23 марта 1888[1], Приход Пати[вд], Пярнумаа — 5 сентября 1943[1], Ипики, Латвия) — эстонский учёный-историк.
Учился в местной начальной школе, с 1903 по 1908 год — в Пярнуской гимназии. В 1913 году окончил Императорский Дерптский университет, специализировался по истории, был учеником выдающихся русских профессоров Евгения Тарле и Ивана Лаппо. Во времена Эстонской Республики Сепп продолжил обучение у профессора Арно Рафаэля Седерберга.
Некоторое время работал в Тарту, в 1914—1917 годах преподавал в Николаевской гимназии в Самарской губернии в России, с 1918 — в Таллине. С 1919 года читал лекции в Тартуском университете по скандинавской истории, профессор.
Сотрудничал в Академическом историческом обществе, особенно в Комиссии по историческим словарям, и был членом редколлегии Исторического журнала.
Наиболее известен как военный историк, и его самое важное исследование посвящено Северной войне. Он опубликовал статьи и исследования в области военной и экономической истории Эстонии. Важнейшим из его научных трудов является докторская диссертация «Осада Нарвы и битва в 1700 году». Он также написал исторические рецензии в сборнике «Эстония» I—IV: Тартумаа (1925), Вырумаа (1926), Сетумаа (1928) и Пярнумаа (1930). Писал труды по истории сельского хозяйства, под его руководством составлен многотомный труд «Эстонская экономическая история», из которого был опубликован только один том.
Брат Йохана Сеппа, юриста, крупного государственного деятеля Эстонии. Дядя писателя, поэта и переводчика Рейна Сеппа.