Центра́льный научно-иссле́довательский институ́т эпидемиоло́гии Роспотребнадзо́ра (полное название — Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; сокр. ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора) — научная организация, осуществляющая координацию и экспертизу научно-исследовательских работ в России по проблемам эпидемиологии и инфекционной патологии.
Головное учреждение Научного совета по эпидемиологии, инфекционным и паразитарным заболеваниям, созданное совместным приказом Минздрава России и РАМН. На базе ЦНИИ эпидемиологии функционируют 8 Всероссийских референс-центров по мониторингу за социально-значимыми инфекциями, 11 научно-исследовательских лабораторий.