Распространение христианства в этом регионе местная традиция связывает с проповедью апостола Елисея, который, как считается, был рукоположён первым иерусалимским патриархом апостолом Иаковом. Апостолу Елисею приписывается постройка церкви в Гисе .
Христианство как государственная религия было принято от Армянской Апостольской Церкви в Кавказской Албании в IV веке .
Католикос избирался на церковных соборах из епископов. Кроме представителей духовенства на них присутствовали царь и другие представители светской знати. Первым известным представителем Албанской церкви, носившим титул «католикос Алуанка, Лпника и Чола» был Абас (с 551—552 года). С получением этого титула обозначается статус церкви Кавказской Албании в триаде Церквей Закавказья .
До 704 года сохраняла автокефалию, позже автономная[1][2][3][4][неавторитетный источник][5][6][7][8] христианская церковь Кавказской Албании (арм. Աղվանք), находившаяся в каноническом единстве с Армянской апостольской церковью. С прекращением существования государства Кавказская Албания её церковь по факту стала автономным католикосатом Армянской апостольской церкви. Играла роль специального «албанского» патриархата Армянской церкви, формировавшего связь между территориями на правом и левом берегу Куры[1] .
Часть кавказоязычного населения Албании приняло ислам, арабизировалась и иранизировалась. Те, которые сохранили христианскую веру, постепенно перешли на армянский язык и стали армянами[9]. Термин «Албанская церковь» указывал лишь на консервативность церковной традиции[10][11]. Территории находящиеся под юрисдикцией церкви Кавказской Албании были населены как собственно албанами, так и другими народами (армянами правобережья Куры, грузинами северо-западных областей)[12] .
Формально агванский католикосат просуществовал до середины XIX века. Последним католикосом стал Саргис II. Престол католикоса был упразднён в 1830 году. Соответствующие приходы Армянской церкви стали подчиняться непосредственно Эчмиадзину как Адербеджанская и Арцахская епархии .