В 1856 году Джордж Энгельманн описал эти кактусы как подрод (Opuntia subg. Cylindropuntia) рода Опунция. В 1930-е годы Фридрих Кнут поднял статус этой группы до отдельного рода[1]. Исследования ДНК, проведённые Стивеном Дики и Робертом Воласом в 2001 году, указывают на независимое от опунций монофилетическое происхождение цилиндропунций.
Согласно исследованиям Дональда Пинкавы и Джона Ребмана, род Цилиндропунция включает 33 вида и 9 естественных гибридов, произрастающих на юге и юго-западе США и на севере Мексики.