В 1683 году Чжэн Кэшуан, правивший на Тайване остатками земель, лояльных империи Мин, сдался Цинской империи. Чтобы остров не стал вновь базой для антиправительственных сил, новые власти не стали его интенсивно развивать, а 14 апреля 1684 года включили в состав провинции Фуцзянь. В административном плане остров был разделён на три уезда: Тайвань (台湾县), Фэншань (凤山县) и Чжуло (诸罗县).
В 1721 году на севере Тайваня началось восстание под руководством Чжу Игуя, которого считали потомком династии Мин; южане во главе с Ду Цзюньином поддержали северян, и объединённые отряды повстанцев освободили остров от власти Цинской империи. Чжу Игуй принял титул правителя с девизом правления Юнхэ, и восстановил ряд атрибутов власти династии Мин. Вскоре, однако, вспыхнула вражда между Чжу Игуем и Ду Цзюньином, всячески подогреваемая с материка. Единая армия распалась на две части, начавшие драться друг с другом. Тем временем на материке в провинции Фуцзянь была собрана карательная армия под руководством Мань Бао и Ши Шибяо; высадившись на острове, она разбила отряды Чжу Игуя и Ду Цзюньина поодиночке, вожди восстания были схвачены и казнены. Для предотвращения новых волнений маньчжуры значительно усилили местные гарнизоны.
После подавления восстания Чжу Игуя были открыты для заселения переселенцами с материка новые районы острова, в результате чего стала возрастать численность китайцев, а аборигены постепенно оттеснялись во внутренние горные районы острова. Для администрирования новых населённых районов в 1723 году был создан уезд Чжанхуа, а также комиссариаты Даньшуй (淡水廳) и Пэнху (澎湖廳).
В 1787 году в северной части Тайваня поднял восстание Линь Шуанвэнь, который был главой местной ячейки тайного «Общества Неба и Земли», повстанцы захватили ряд административных центров. Вслед за этим «Общество Неба и Земли» организовало вооружённое выступление на юге острова под руководством Чжуан Датяня. В результате в руках повстанцев оказалась вся западная часть Тайваня; Линь Шуанвэнь был провозглашён правителем (с девизом правления «Тяньюань»), а Чжуан Датянь — главнокомандующим. Однако повстанцы не смогли взять главный город острова — Тайнань, и после прибытия с материка двух отрядов карателей были вынуждены отступить вглубь острова.