В этом романе описывается судьба английского учёного-медика, а впоследствии физика Гриффина, который изобрёл аппарат, делающий человека невидимым (и, одновременно с этим, препарат, обесцвечивающий кровь). Правда, для полной невидимости человек должен был быть альбиносом, каковым Гриффин и был. Гриффин не хотел раньше времени обнародовать своё открытие, чтобы позже создать тем бо́льшую сенсацию. Однако обстоятельства сложились так, что из-за материальных затруднений он не мог продолжать свою работу. У него появилась идея «исчезнуть» и начать совершенно новую жизнь в качестве невидимки.
Опасаясь преследования полиции по жалобе хозяина дома, в котором он жил, недовольного его непонятной и подозрительной деятельностью, и вероятного последующего расследования, Гриффин отправил записи о своих экспериментах по почте до востребования, перешёл в невидимое состояние, разрушил аппарат и поджёг дом, где он жил, чтобы окончательно замести следы. Поначалу он чувствовал себя «зрячим в городе слепых». Однако вскоре оказалось, что его положение не столь уж завидное. Не имея аппарата, он не мог сделать невидимыми свою пищу и одежду, так что ему приходилось ходить голым и страдать от холода, а пищу принимать очень редко и тайно от других людей. Он не мог также и объявить о себе, так как опасался, что потеряет свободу и его станут показывать в клетке.
Всё это вынудило его оказаться в положении изгоя, избегающего человеческого общества. Гриффин поселился в деревне Айпинг и стал работать над возвращением себе обычного «видимого» вида (именно с этого начинается повествование; то есть, всё вышеизложенное читателю становится известным только ближе к финалу). Однако через некоторое время у него закончились деньги, и ему опять пришлось скрыться.
Гриффин обратился за поддержкой к учёному по имени Кемп, с которым он когда-то вместе учился. Гриффин предложил начать кампанию террора и устрашения людей, конечной целью которой был бы захват власти. Но Кемп отказался сотрудничать с невидимкой и вызвал полицию. Тогда невидимка приговорил Кемпа к смерти и начал охоту за ним, но в конечном итоге это привело к гибели Гриффина. Он был схвачен и убит разъярённой толпой. После наступления смерти его тело снова стало видимым. Секрет невидимости так и не был восстановлен, так как свою машину Гриффин уничтожил, а его записи были похищены бродягой Томасом Марвелом, которого Гриффин использовал как помощника (Марвел наивно надеялся самостоятельно разгадать секрет и стать невидимкой).