А Лига 1999 (лит. A Lyga 1999) — 11-й сезон чемпионата Литвы по футболу со времени восстановления независимости Литвы в 1990 году. Он начался 5 июля и закончился 6 ноября 1999 года. Турнир проходил по системе «весна-осень».
«Жальгирис-2», «Кауно Егеряй» и «Мастис», занявший последнее место, снявшись после первого круга, покинули элитный дивизион. В турнире стартовали 10 клубов, которые сыграли в 2 круга по системе «каждый с каждым». «Локомотивас», выигравший переходные матчи, после трёх туров в А Лиге-1999 был переименован в «Ардену».
Чемпион получил право стартовать в первом квалификационном раунде Лиги чемпионов, а клуб, занявший второе место, — в первом отборочном раунде Кубка УЕФА. Команда, занявшая третье место, участвовала в Кубке Интертото с первого раунда.
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки