В момент появления первых построек, на рубеже XIX—XX веков, здесь были заросли черёмухи, одним словом — черемошники, отсюда и название местности[1][2].
Первые пароходы на Томи доходили устья Ушайки только весной. В остальное время пассажиров высаживали «у Черемошинской пристани» (в районе нынешнего причала «Томлесдрева»). Именно здесь первоначально заканчивалась Томская ветвь Средне-Сибирской железной дороги. Для вывоза продукции, а также для перевалки грузов с железной дороги на речной транспорт и обратно здесь, на побережье реки возле Черемошниковской пристани, была обустроена конечная железнодорожная станция Черемошники[3], рядом с которой вырос небольшой посёлок, который так и называли — «Станция Черемошники». В современности, в этом районе города располагается открытая в 1958 году железнодорожная станция Томск-Грузовой.
Возле пристани также находился врачебно-питательный переселенческий пункт в котором обслуживались переселенцы прибывающие как по реке из Тюмени, так и по железной дороге[3].
В начале XX века в южной части района возникло несколько промышленных предприятий в числе которых: мельницы Фуксмана и Кухтерина, фабрика по производству карандашной дощечки и городская скотобойня.
В советское время здесь начали возводить Лесоперевалочный комбинат — ЛПК. К 1950-м годам его строители образовали шесть жилых посёлков, называемых: «1-й посёлок ЛПК», «2-й посёлок ЛПК» и т. д[1]. Вскоре в их названиях, вместо аббревиатуры «ЛПК», стали использовать слово «Черемошники», что было параллельным названием посёлков.
Район оставался традиционно промышленным. Здесь заработали заводы:химикофармацевтический, дрожжевой, шпалопропиточный, измерительной аппаратуры, хладокомбинат, мебельно-швейная фабрика и другие предприятия. В 1970-е годы сюда перенесён Томский завод резиновой обуви.