На рубеже XVI—XVII вв. село неоднократно страдало в ходе столкновений польских магнатов: 26 сентября 1584 года князь Корецкий с отрядом в 1 тыс. человек окружил село, сжёг находившуюся здесь мельницу вместе с хлебом и угнал скот; в 1586 году князь Острожский забрал у жителей села "200 возов с сеном и другое добро"; летом 1610 года шляхтич Г. Пашкевич с крупным отрядом ограбил жителей села и сжёг хлеб, а в январе 1611 года его отряд во второй раз ограбил село и убил здесь нескольких человек[2].
После третьего раздела Речи Посполитой в 1797 году Черняхов вошёл в состав Житомирского уезда Волынской губернии Российской империи. В 1798 году в нём насчитывалось 979 человек населения и 171 двор[2].
В середине XIX века здесь появляются первые промышленные предприятия: в 1845 году начала работу суконная фабрика, в 1853 году пивоваренный и кожевенный заводы[2].
По данным первой переписи населения Российской империи в феврале 1897 года здесь проживало 3878 человек.
После Февральской революции 8 марта 1917 года здесь был создан волостной Совет рабочих и крестьянских депутатов[2].
В январе 1918 года здесь была установлена Советская власть, но уже в конце февраля 1918 года Черняхов был оккупирован наступавшими австро-германскими войсками, которые оставались здесь до конца ноября 1918 года[2]. В дальнейшем, в ходе гражданской войны власть несколько раз менялась.