Точная дата постройки аэродрома Шайковка неизвестна. При испытаниях самолёта ДБ-3 упоминается посадка в августе 1938 года на аэродроме Шайковка одного ДБ-3 при перелёте по маршруту Монино — Севастополь — Краснодар — Монино группы из 10 машин.
Накануне войны, весной 1941 года на аэродром Шайковка передислоцирован 1-й тяжёлый бомбардировочный полк 42-й дальнебомбардировочной дивизии. На вооружении полка были самолёты ТБ-3.
С началом войны полк перелетел на оперативные аэродромы, но уже 23 июня две эскадрильи вернулись на базовый аэродром. Также в Шайковку перелетели самолёты 3-го тяжёлого бомбардировочного полка.
Аэродром удерживался немцами с октября 1941 по август 1943 года. Являясь важным стратегическим объектом, он несколько раз подвергался бомбовым ударам советской дальней авиацией. Рядом с аэродромом находился лагерь советских военнопленных[1].
К 1959 году аэродром был реконструирован и на него перелетел 52-й гвардейский тяжёлый бомбардировочный авиационный полк. На вооружении полка поступили новые самолёты Ту-16 в варианте бомбардировщиков.
По состоянию на 1961 год, в гарнизоне Шайковка базировался 52-й гв. ТБАП, 1-я АЭ от 43-го ЦПБ И ПЛС и отдельная АЭ войск ПВО, все на Ту-16.