Длина — 300 км, площадь бассейна — 9660 км². Истоки на западном склоне Северного Урала. Питание реки дождевое и снеговое. Среднегодовой расход воды — 252 м³/с. Ледостав с конца октября по начало июня. Щугор — нерестилище сёмги.
Щугор весь свой путь протекает по территории Национального парка Югыд Ва. Река берёт начало в одном из самых глухих мест, в районе «полюса относительной недоступности» Северного Урала. Исток находится на высоте более 750 метров над уровнем моря, между вершинами гор Молыдъиз, Аквалсупнёл и Паръяур. Первые 100 км Щугор течёт почти строго на север, по долине, ограниченной меридиональными хребтами Яны-Янкеч, Хосанёр и Суммахнёр с востока, и хребтами Туйтымнёр, Тельпосским и Ууты с запада. В районе горы Тельпосиз Щугор идет по условной границе между Северным и Приполярным Уралом. Здесь он поворачивает на запад и пересекает западные гряды Уральских гор, прорываясь между Тельпосиз и южными склонами Исследовательского кряжа. Далее Щугор пересекает область парм и впадает в Печору около деревни Усть-Щугор. Высота устья — 58,5 м над уровнем моря.[источник не указан 570 дней]
Щугор отличается исключительной чистотой и прозрачностью воды. Река мелководна практически на всем своем протяжении, изобилует шиверами, встречаются пороги. На Щугоре есть несколько интересных геологических памятников: Овин-камень, Верхние, Средние и Нижние Ворота.
В конце XIX века вдоль Щугора проходил Сибиряковский тракт (Щугорский волок) — дорога от Печоры к Оби, проложенная промышленником Сибиряковым для вывоза сибирского хлеба.
В настоящее время населённых пунктов на реке нет. Имеются оборудованные сотрудниками национального парка Югыд ва туристические стоянки, развивается экологический туризм.
На противоположном от устья Щугора берегу Печоры располагается деревня Усть-Щугер, основанная в XVIII веке.