Зигмунд Экснер родился 5 апреля 1846 года в столице Австрии городе Вене[1]; происходил из одной из университетских фамилий Австро-Венгерской империи. Из этой семьи происходили Адольф Экснер[2], Карл Экснер[3], Франц Серафин Экснер и Мария фон Фриш и другие.
Сперва учился в университете родного города, где слушал лекции известного физиолога и психолога Эрнста фон Брюкке, затем продолжил обучение в Гейдельбергском университете под началом Германа Людвига Фердинанда Гельмгольца.
С 1891 года — ординарный профессор и директор Физиологического института при Венском университете[1].
Научные труды Зигмунда Экснера касаются преимущественно физиологии нервной системы; его руководство по микроскопической технике стало одним из первых пособий появившихся в этой области[1].