Швейцарский союз зародился как позднесредневековый союз между в то время являвшимися частью Священной Римской империи коммунами долин Центральных Альп для облегчения управления общими интересами, такими как свободная торговля и обеспечения мира на важных торговых путях через горы.
Императоры из династии Гогенштауфенов в начале XIII века предоставили этим долинам статус reichsfrei, благодаря чему кантоны Ури, Швиц и Унтервальден находились под прямой властью императора без каких-либо промежуточных сеньоров и были в значительной мере автономны.
С возвышением династии Габсбургов, её правители стремились расширить свое влияние на этот регион и подчинить его своей власти. По этой причине между ними и горными общинами возник конфликт, в котором последние пытались защитить свой привилегированный статус. К трём кантонам-основателям Schweizerische Eidgenossenschaft (первоначальное название конфедерации) в начале XIV века присоединились города-государства Люцерн, Цюрих и Берн, общими усилиями им удалось несколько раз победить армии Габсбургов. Они также извлекли выгоду из того факта, что императоры Священной Римской империи на протяжении большей части столетия происходили из Люксембургского дома, и считали их потенциально полезными союзниками против своих конкурентов в лице Габсбургов.
К 1460 году конфедераты контролировали большую часть территории к югу и западу от реки Рейн до Альп и гор Юра. В конце 15 века две войны привели к расширению до тринадцати кантонов (Dreizehn Orte): в Бургундских войнах 1470-х швейцарцы утвердили свою гегемонию на западной границе, а в ходе Швабской войны 1499 года против императора СРИ Максимилиана I Габсбурга обеспечили фактическую независимость от империи. За время участия в Итальянских войнах XVI века конфедерация взяла под свой контроль Тичино.
В XIV веке в соседних регионах Альп возникли две аналогичные федерации: в Граубюндене возникли Три лиги (Drei Bünde), а в Вале по итогу противостояния с герцогами Савойи — Семь десятых (Sieben Zenden). Ни одна из этих федераций не была частью средневекового Eidgenossenschaft, но обе поддерживали с ней очень тесные связи.
При династии Гогенштауфенов в Священной Римской империи регионы Ури, Швиц и Унтервальден (Waldstätten или «лесные общины») получили статус Reichsfreiheit. Первые два региона получили статус из-за желания правителей разместить под их контроль стратегически важный перевал Сен-Готард, последний — ибо большая часть его территории принадлежала монастырям с подобным статусом. Города Берн и Цюрих обрели этот статус после пресечения династии правивших ими герцогов Церингенских из одноимённого дома.