Эмир Бухарского эмирата (Бухарский эмир, Эмир Бухарский) (узб. Buxoro Amiri) — высшая государственная должность в Бухарском эмирате с 1785 по 1920 год.
Эмир имел неограниченную власть и управлял страной на основании правил шариата (мусульманский духовно-нравственный кодекс) и обычного права. Для ближайшего исполнения воли эмира при нём состояло несколько сановников, действующих каждый в своей отрасли управления.
Под влиянием побед, одержанных Русской армией в ходе Бухарских походов 1866—1868 и 1870 годов, бухарский эмир согласно договорам (Русско-бухарский договор 1868 года и Шаарский договор 1873 года) признал вассальную зависимость от Российской империи. Впоследствии, несмотря на вассальную зависимость, бухарские эмиры руководили внутренними делами своего государства как абсолютные монархи. Они имели чины генералов российской армии и награждались высшими российскими орденами.
После Октябрьской революции 1917 года в России эмиру некоторое время удавалось удерживать власть в Бухарском эмирате.
В результате взятия Бухары Красной Армией в сентябре 1920 года Сейид Алим-хан, последний бухарский эмир, бежал на восток Бухарского эмирата, а затем в Эмират Афганистан. Получив убежище в Афганистане, он активно боролся против советской власти в Средней Азии.
Основатель Узбекской династии Мангытов Мухаммад Рахим (1753—1758) с 1747 года правил Бухарским ханством с титулом аталыка, а в 1753 году, заручившись согласием знати и духовенства, вступил на бухарский трон с титулом эмира[2]. Несмотря на то, что Мангыты не были Чингизидами, в 1756 году Мухаммад Рахим объявил себя ханом[3]. С начала его правления Бухарское ханство стало называться эмиратом[3]. По смерти Мухаммад Рахим-хана власть перешла к его дяде Даниял-бию (1758—1785), который довольствовался титулом аталыка. После смерти Даниял-бия в 1785 году его старший сын Шахмурад (1785—1800) начал править страной с титулом наиба, то есть наместника хана.