В годы Российской империи село Эфендиляр входило в состав Джебраильского уезда Елизаветпольской губернии, а в советские годы — в состав Джебраильского района Азербайджанской ССР.
В результате Карабахской войны в августе 1993 года село перешло под контроль непризнанной Нагорно-Карабахской Республики.
9 октября 2020 года президент Азербайджана Ильхам Алиев заявил, что азербайджанская армия восстановила контроль над селом Эфендиляр в Джебраильском районе[2][3].