Расположен в Южном административном округе в районе Нагатинского Затона на левом берегу Нагатинской поймы, в месте спрямления русла Москвы-реки[1].
Южный речной вокзал несколько раз менял своё местоположение. С 1932 года он находился в Кожуховской (Южной) гавани Московско-Окского управления речного пароходства (МОУРП), расположенной на берегу Москвы-реки около деревни Кожухово, выше Перервинской плотины[2].
Перед войной вокзал перенесли выше по течению реки, организовав его в специально построенном деревянном здании, расположенном на месте нынешней Академии водного транспорта. В 1972 году деревянное здание передали Московскому филиалу ЛИВТа под лабораторный корпус, а Южный речной вокзал разместили на установленном поблизости на этом же правом берегу Москвы-реки дебаркадере. Следующее здание было возведено на левом берегу.
Первое здание Московского речного вокзала было построено в 1932 году по проекту Романа Хигера и находилось по адресу Варшавское шоссе, д. 3, у Даниловского моста[3]. Южная (Кожуховская) гавань тогда была конечной точкой Московско-Окского водного пути. Отсюда отправлялись пароходы, идущие на Оку, Волгу и Каму[2]. Здание состояло из двух павильонов — пригородного и основного — соединённых одноэтажным переходом, и было построено из дерева. Только центральные части павильонов были сложены из кирпича. Лёгкий первый этаж контрастировал с восьмигранной вершиной двухэтажного центрального павильона. Вертикальная ось восьмигранника продолжалась куполом и завершалась шпилем, увенчанным шаром — в нём предполагалось установить сильный источник света[4].
В проекте вокзала большое внимание уделялось гармонии цвета и плавному переходу одного пространства в другое. Колоннада главного вестибюля пересекалась перспективой на парадную лестницу, которая вела в зал ожидания, расположенный в восьмиграннике второго этажа. Там же располагался ресторан, купол которого был окрашен в тёмно-ультрамариновый цвет и покрыт рельефными звёздами, передавая настроение южного неба[5]. Первый этаж основного павильона делился на целевые зоны: слева находились комнаты матери и ребёнка, справа — служебные помещения, на втором этаже — гостиница для пассажиров. В отделке использовались разные оттенки жёлтого и кофейного цветов, но при переходе в зал ожидания кессоны потолка окрашены в ультрамариновый цвет, чтобы подготовить зрителя к восприятию интенсивно синего купола[4]. В пригородном павильоне находились зал ожидания, кассы и уборные комнаты. Цветовое решение интерьера гармонировало с основным павильоном: использовались светло-кофейные, жёлтые и кирпичные оттенки[6]. На момент строительства вокзала уже существовал план реконструкции района, поэтому здание было поставлено на земляную насыпь[7] и считалось временным[3].