Микрорайон находится в центральной части Лазаревского района, в устье реки Хаджипсе. Расположен в 32 км к юго-востоку от районного центра — Лазаревское, в 40 км к северо-западу от Центрального Сочи и в 262 км к югу от города Краснодар (по дороге).
Граничит с землями населённых пунктов: Головинка на северо-западе, Верхнеякорная Щель на северо-востоке, Беранда на востоке и Нижняя Беранда на юго-востоке. На западе микрорайон омывается водами Чёрного моря, на востоке над ним возвышаются лесистые горы.
Якорная Щель расположен в узкой долине у черноморского побережья. Рельеф местности в основном холмистый, местами обрывистый. Основное население микрорайона проживает у побережья или вдоль речной долины. Средние высоты на территории посёлка составляют около 35 метров над уровнем моря. Абсолютные высоты достигают 300 метров над уровнем моря.
Гидрографическая сеть представлена в основном рекой Хаджипсе. В центре микрорайона в него впадет его главный правый приток Ходжиек.
Климат в поселке влажный субтропический. Среднегодовая температура воздуха составляет около +13,7°С, со средними температурами июля около +24,2°С, и средними температурами января около +6,2°С. Среднегодовое количество осадков составляет около 1450 мм. Основная часть осадков выпадает зимой.
В 1895 году водолазами был поднят и оставлен на берегу якорь с отломанным рымом. Было это у ущелья, которое, как и речушка, сбегавшая по нему, получило название Якорная Щель, которой позже было возвращено её прежнее название — Хаджипсе.[1]