Высота устья — 316 м над уровнем моря.[источник не указан 595 дней] Уклон реки — 1,7 м/км.[источник не указан 595 дней]
Вытекает из озера Банное (438 м абс.) в Абзелиловском районе Башкортостана и течёт на юго-восток[3]. Обтекая гору Багыштау с востока, принимает правый приток Каран[3]. Протекает по окраине деревни Елимбетово, затем у Таштимерово принимает правый приток Мусык[3]. Протекая западнее Михайловки, впадает в озеро Чебаркуль (181,9 м абс.)[3].
Выходя из озера на юге, Янгелька пересекает автодорогу Магнитогорск — Аскарово у села Давлетово[3] и минует Янги-Аул, после чего принимает правые притоки Кумаксаз, Суйынтапкан и ручей Топкий[4]. Далее протекает вдоль населённых пунктов Гусево, Авняш, Борисово (здесь впадает левый приток Тоштуй), Янгельское, Первомайский[4] и пересекает ж.-д. ветку Магнитогорск — Сибай.
В низовьях течёт по Агаповскому району Челябинской области[4]. Здесь на левом берегу расположен посёлок Новоянгелька. Ниже река пересекает автодорогу Магнитогорск — Сибай и впадает в Урал по правому берегу в 1,5 км выше посёлка Янгельский[4], на 2091-м км от устья[2].
В бассейне также расположены аэропорт Магнитогорск, сёла Красная Башкирия (частично), Тупаково, Озёрное, Абзелилово, Таштуй и другие.
Скорость течения 0,4-0,6 м/с. В верховьях русло каменистое, шириной 8-10 м, в среднем течении умеренно извилистое, песчано-галечное, шириной 10-15 м[6].