47-я армия была сформирована 1 августа 1941 года на основании приказа командующего Закавказским военным округом от 26 июля 1941 года в составе Закавказского военного округа на базе 28-го механизированного корпуса с целью прикрытия государственной границы СССР с Ираном. Первоначально в армию входили 236-я стрелковая дивизия, 63-я и 76-я горнострелковые, 6-я и 54-я танковые дивизии, 116-й и 456-й артиллерийские полки, 347-й истребительный авиационный полк[1] и другие части.
23 августа армия была включена в состав Закавказского фронта, 30 декабря преобразованного в Кавказский фронт, и до конца года выполняла задачи по прикрытию государственной границы. Принимала непосредственное участие в Иранской операции (Иранском походе), вступив на территорию Иранского Азербайджана с территории Азербайджанской ССР. Армия заняла весь Иранский Азербайджан, в том числе города Ардебиль и Тебриз. Развивая наступление, армия овладела городом Дильман в 100 км к западу от Тебриза, а затем городом Урмия.
В конце января армия была передислоцирована на Керченский полуостров, где 28 января была включена в состав Крымского фронта.
В первой половине мая армия наряду с другими армиями фронта вела бои с силами противника, перешедшими в наступление в направлении на город Керчь и после продолжительных боёв оставила Керченский полуостров, эвакуировавшись на Таманский полуостров.
20 мая армия была включена в состав Северо-Кавказского фронта, 17 августа — в состав Новороссийского оборонительного района, а 5 сентября — в состав Черноморскую группу войск Закавказского фронта 2-го формирования.
С января по первую половину марта армия в составе Северо-Кавказского фронта вела наступательные бои в районе Новороссийска и в направлении станицы Крымская.