Девятая армия создана приказом РВС Южного фронта от 3 октября 1918 года на основании директивы РВСР от 11 сентября 1918 года из частей Поворинского и Балашово-Камышинского участков Южного фронта, с 4 мая 1920 — 9-я Кубанская армия.
Приказом РВС 9-й Армии, от 17 ноября 1919 года, из конной группы 9-й Армии под командованием М. Ф. Блинова (создана в сентябре 1919 года из кавалерийских бригад 14-й, 23-й и 36-й стрелковых дивизий) сформирована кавалерийская дивизия под наименованием Кавалерийская дивизия 9-й Армии[1], позднее Вторая кавалерийская дивизия (2-я кавалерийская дивизия).
Армия входила в состав: Южного фронта, с 1 октября 1919 года — Юго-Восточного фронта, с 16 января 1920 года — Кавказского фронта, с 29 мая 1921 года — Северо-Кавказского ВО. По приказу войскам Кавказского фронта № 679 от 4 мая 1920 года армия получила наименование 9-й Кубанской.
В октябре — декабре 1918 года 9-я армия вела бои с Донской армией Краснова в районах Поворино, Елань, Балашов. В январе — марте 1919 г. участвовала в наступлении Южного фронта, заняла Борисоглебск и Новохоперск. С марта подавляла Вёшенское восстание в своем тылу и вела оборонительные бои с войсками Деникина в Донбассе. Входила в состав Особой группы В. И. Шорина (23 июля — 30 сентября 1919), участвовала в августовском контрнаступлении Южного фронта, затем держала оборону на реке Хопёр против наступавшей Донской армии. В ноябре — декабре 1919 участвовала в наступлении Юго-Восточного фронта, форсировала реки Дон и Северский Донец, заняла станицы Миллерово, Лихую[2][3].
В январе 1920 года армия вела наступление в Ростово-Новочеркасской операции, в январе — апреле — в Северо-Кавказской операции по завершению разгрома армий Деникина и осуществлении в ходе её Доно-Манычской операции (17 января — 6 февраля 1920), Тихорецкой операции (14 февраля — 2 марта 1920) (форсирование р. Маныч), в Егорлыкском сражении (февраль — март 1920), в Кубано-Новороссийской операции (3 марта — 27 марта 1920) (выход на Кубань, занятие гг. Екатеринодар, Новороссийск). Принимала участие в преследовании остатков деникинских войск в районе Туапсе, Сочи. В августе — сентябре 1920 вела бои по ликвидации Улагаевского десанта на Кубани и на Таманском полуострове, против «Армии возрождения России» генерала Фостикова и других белогвардейских формирований в западной части Северного Кавказа. В феврале — марте 1921 армия вела боевые действия на Черноморском побережье против вооружённых сил Грузинской Демократической Республики[2][3].