Первый прототип самолёта поднялся в воздух в 1999 году. Изначально проектировался как учебный самолёт, но впоследствии был доработан для нанесения ударов по слабозащищённым воздушным и наземным целям. Тем не менее кабина пилота штурмовика защищена кевларовой бронёй. «Супер Тукано» в целом ряде стран применялся как контрпартизанский самолёт, а также для борьбы с перевозками наркотиков на поршневых летательных аппаратах.
Каждое крыло может быть оснащено 12,7-мм пулемётом FN Herstal M3P скорострельностью до 1100 выстрелов в минуту, с 200 патронами.
«Супер Тукано» применялся в борьбе с партизанским движением в Колумбии[источник не указан 76 дней].
Участвовал в конкурсе ВВС США по закупке от 100 до 200 штурмовиков этого типа, которые должны были применяться против талибов в Афганистане[2].
30 декабря 2011 года ВВС США объявили, что в результате проведенного конкурса выбрали легкий многоцелевой самолёт A-29 Super Tucano производства компании Embraer, для использования в качестве самолёта лётной подготовки, разведки и авиационной поддержки войск. Самолёты будут производиться совместно с компанией Sierra Nevada Corporation. Контракт стоимостью 355 млн долл. США предусматривал поставку 20 самолётов. Одна из партий самолётов предназначалась для ВВС Афганистана.
В настоящее время[когда?] более 150 штурмовиков «Супер Тукано», состоящие на вооружении ВВС ряда стран мира, налетали 130 000 часов, в том числе 18 000 часов в боевых вылетах.