Период второй династии начался с приходом к власти Хотепсехемуи приблизительно в 2847 году до н. э. и закончился правлением Хасехемуи, умершего около 2622 года до н. э. Столица государства в то время располагалась в городе Тинис.
Это одна из наименее изученных династий Древнего Египта. Из-за малого количества находок и источников политическая обстановка того времени остаётся весьма неопределённой.
Достоверно известно, что в начале последовательно правили 3 фараона: Хотепсехемуи, Ранеб и Нинечер. После смерти последнего, судя по всему, произошла какая-то смута. По мнению ряда египтологов, в частности, Вольфганга Хелька, Германа Шлёгля и Юргена фон Бекерата, во время правления II династии Египет разделился на 2 независимых царства — Верхний и Нижний Египет. В результате этого фараоны Сенед, Сет Перибсен и Сехемиб правили только в Верхнем Египте (с центром в Абидосе), а фараоны Сенеферка, Неферкара I, Худжефа I и Неферкасокар — только в Нижнем Египте (с центром в Мемфисе). Основанием для этой теории стал тот факт, что в сохранившихся печатях фараонов Перибсена и Сехемиба видно чёткое административное разделение между Нижним и Верхним Египтом. Кроме того, сами фараоны называют себя «фараон Верхнего Египта», а высшие чиновники — «администраторами фараона Верхнего Египта». Дополнительным свидетельством разделения Египта считается тот факт, что в Туринском и Саккарском царских списках перечислено большое количество картушей с именами правителей II династии. Хотя некоторые из них удалось соотнести с известными по другим источникам фараонам, но остаются и неидентифицированные имена, с которыми невозможно соотнести с современными им записям или известными хоровым именем или именем по Небти. Либо эти имена возникли в результате случайного дублирования, либо это имена неизвестных правителей.
Существует теория, что причиной разделения Египта могли стать религиозные конфликты. Оно основано на том, что фараон Перибсен впервые в египетской истории решил разместить над своим серехом вместо сокола Гора зверя Сета. При этом первый правитель династии, Небра, первым из фараонов интегрировал в своё имя солнечный диск бога Ра. Однако каких-то документальных свидетельств подобных конфликтов в настоящее время неизвестно.