Группу сформировали летом 1989 вокалист Кейт Капуто, бас-гитарист Алан Роберт и гитарист Джои З. Перед записью дебютного альбома River Runs Red (1993), перебрав несколько барабанщиков, они взяли ударника Сэла Абрускато (Type O Negative), после чего заключили контракт с Roadrunner Records.
За River Runs Red последовал более эмоциональный Ugly (1995), но, после тура в поддержку альбома, барабанщик Абрускато покинул группу. Место за ударной установкой занял Дэн Ричардсон (Pro-Pain, Crumbsuckers).
Вокалист Капуто покинул группу после выхода Soul Searching Sun (1997), заявив, что он больше не интересуется такой музыкой, какую делает Life of Agony. Затем группа провела тур с Уитфилдом Крэйном, экс-вокалистом Ugly Kid Joe, и вернулась назад в студию только для того, чтобы понять, что они не хотят продолжать играть под названием Life of Agony без Капуто. В 1999 музыканты объявили о распаде группы. В 2000 вышел концертный CD с акустического выступления Life of Agony на голландском фестивале Dutch Lowlands Festival 1997 года.
3 и 4 января 2003, группа воссоединилась в оригинальном составе для двух аншлаговых концертов в нью-йоркском Irving Plaza. Оба концерта были записаны, и выпущены позднее в том же году на CD/DVD. Результатом воссоединения группы стало ещё несколько концертов и появлений на европейских фестивалях, а затем запись в 2005 альбома Broken Valley, первым новым материалом группы с 1997.
Также, в течение 2005, Life of Agony провели серию концертов с Megadeth, Dream Theater и другими группами в рамках тура Gigantour. Спустя три года после этого тура, Life of Agony выпустили переиздание River Runs Red с бонусными треками и видео с ранних этапов творчества группы.
В 2007-м Кейт Капуто принял участие в песне группы Within Temptation «What Have You Done», ставшей международным хитом.