Основной целью миссии STS-49 был захват спутника Intelsat 603[англ.], который не смог покинуть околоземную орбиту за два года до этого. Астронавты должны были прикрепить к спутнику разгонный блок, который, работая как межорбитальный буксир, перевёл бы спутник на высокоэллиптическую орбиту, с дальнейшим переходом на целевую геостационарную орбиту. После нескольких попыток захват был совершён, для проведения работы впервые совершили выход в открытый космос из одного корабля сразу три человека, также был установлен рекорд длительности пребывания космонавта за бортом корабля, побитый только в 2001 году в полёте STS-102[1][2]. Впервые использовался парашют при посадке челнока.
Выход Торнтон и Эйкера не был связан с работами над спутником, его предназначение состояло в отработке методов сборки структур в открытом космосе (ASEM), что было нужно для оценки усилий, которые потребовались бы при сборке станции «Фридом»[2].
Эмблема насыщена духом космических исследований, унаследованном от морских судов, открывавших неизведанные земли и океаны. В центре рисунка — парусник «Индевор», прославившийся в 18 веке научной экспедицией в южной части Тихого океана под командованием капитана Джеймса Кука. Как и исторический корабль, шаттл «Индевор» расширяет горизонты космической деятельности в своём первом полёте. Цвета развевающихся над парусником флагов повторяют расцветку флагов двух школ, предложивших название для нового шаттла: средней школы г. Сенатобия (штат Миссисипи) и школы г. Таллула-Фоллс (штат Джорджия). Сочетания из 4-х и 9-ти звёзд, стилизованных под морскую пену, рассекаемую форштевнем судна, обозначают номер миссии по кодификации НАСА[3].