В последние годы «Аполония» играет в Албанской футбольной суперлиге. В 2013 году заняли последнее место и переведены во Вторую лигу.
В начале 1920-х в городе Фиери начали создаваться спортивные сообщества, члены которых занимались в том числе и футболом. Первый официальный матч в Фиери был сыгран 17 июля 1924 года, когда местная команда сыграла с командой города Влёра.
Клуб был образован летом 1925 году под именем КС «Аполония», как память о расположенном неподалёку древнегреческом городе, стилизованные руины которого изображены и на эмблеме клуба на красном фоне. Традиционные цвета клуба — белый и зелёный.
В 1946 году «Аполония» снова стала мультиспортивной, однако, футбол всё равно был самым популярным видом спорта в клубе.
В 1958 году в городе был построен новый стадион «Лони Папучиу» вместимостью в 6000 зрителей, который был предназначен исключительно для проведения футбольных матчей клуба.
Самым успешным в истории «Аполонии» периодом был отрезок с 1985 по 1990 год, когда команду возглавлял Вангель Цапо, под руководством которого «Аполония» добилась своего наивысшего успеха в чемпионате страны, заняв 3-е место в 1989 году, что позволило клубу участвовать в розыгрыше Кубка УЕФА, в котором, однако, команда уступила в первом же раунде французскому «Осеру» с общим счётом 0:8.