Станция начала свою работу в 1937—1941 годах, когда была проложена Печорская железная дорога. Подюга — первая станция на ответвлении Коноша — Подюга — Усть-Шоноша — Вельск, к ней ведёт только один путь (второй путь проходит параллельно, лежит через Можугу). Пути на станции неэлектрифицированы, все поезда управляются тепловозами. Станция Подюга относится к Сольвычегодскому региону Северной железной дороги.
Через станцию проходят пригородные поезда Кулой — Вересово (1 пара поездов в сутки) и Кулой — Коноша (1 пара поездов в сутки).
Ввиду особенностей путевого развития линии Коноша — Вельск, поезда следуют через Подюгу в основном в сторону Вельска, в обратном направлении они следуют по линии через Можугу. Исключение составляет лишь поезд № 150/149 Котлас — Москва, следующий через Подюгу в обе стороны.