Во времена СССР «Алга» была наиболее известным и сильнейшим клубом Кыргызстана, которая постоянно участвовала в чемпионате СССР, проведя в общей сложности 27 сезонов в Первой и 16 сезонов во Второй лиге. «Алга» единственный киргизский клуб, выигрывавший турнир во Второй лиге и отыгравший больше одного сезона в Первой лиге (вторым клубом, единожды выступившим в Первой лиге, было фрунзенское «Динамо»).
В 1947 году в городе Фрунзе была создана команда мастеров под названием «Зенит». В 1950-е годы клуб назывался «Трудовые резервы», «Искра», «Спартак» и выступал в Классе «Б» союзного первенства (третий по уровню дивизион).
В первый год существования команда дебютировала во второй по рангу лиге чемпионата СССР, заняв 8-е место в среднеазиатской зоне.
Турнир Высшей лиги 1948 года задумывался как состязание команд всех союзных республик и крупнейших промышленных центров РСФСР и Украины и «Алга» (тогда ещё «Зенит») была включена в состав участников высшей лиги. 2 мая 1948 начались игры 30-ти команд в 2-х подгруппах (зонах). Однако календаря игр не было, а дальнейшая система матчей вообще объявлена не была. По другим данным, планировалось, что команды проведут игры по системе «каждый с каждым» в один круг. В период со 2 по 14 мая состоялось 30 матчей, 22 из которых были аннулированы в связи с изменением системы розыгрыша. После 30 игр чемпионат продолжили 14 команд, а остальные 16 команд, включая «Алгу», отправили в лигу ниже. С того момента и до 1973 года включительно «Алга» выступала во второй по рангу лиге чемпионата СССР.
В 1961 году команду переименовали в «Алгу». Через год фрунзенцы финишировали вторыми и получили право участвовать в Классе «А», которым теперь стали именовать вторую по рангу лигу чемпионата СССР (Классом «Б» стала именоваться вновь образованная третья по рангу лигу чемпионата СССР).
Наибольшего успеха «Алга» достигла в 1967 году. Остроатакующий футбол позволил ей занять 3-е место в Первой лиге СССР. Несколько очков не хватило клубу, чтобы выйти в высший эшелон советского футбола. Многие игроки того поколения были приглашены в команды Высшей союзной лиги и покинули «Алгу».