Чемпионат Европы по футболу 1999 среди юношей до 16 лет — семнадцатый розыгрыш чемпионата Европы по футболу среди юношей до 16 лет, который проходил в Чехии с 24 апреля по 7 мая 1999 года. В чемпионате принимали участие 16 сборных. Чемпионом в пятый раз стала сборная Испании.
Финальному турниру чемпионата Европы по футболу среди юношей до 16 лет предшествовал отборочный турнир. 49 команд выявили 15 из них, которые прошли в финальную часть и присоединились к сборной Чехии — хозяйке турнира.