Первенство СССР по футболу в третьей группе 1946 года было организовано в восьми зонах РСФСР, четырёх зонах Украинской ССР и турнирах Белорусской ССР, закавказских и среднеазиатских республик. Изначально стартовало 118 команд.
В двух межзональных финалах играли по пять команд. В финал РСФСР выходили победители Западной и Центральной зоны и выигравшие в трёх стыковых матчах между победителями остальных зон. В другом финале Союзных республик участвовали две лучшие команды турнира победителей зон УССР и победитель остальных республиканских турниров.
В зону входили команды РСФСР (Москва, Ленинград) и также республик Прибалтики и Карело-Финской ССР. Команда победитель выходила непосредственно в финал РСФСР третьей группы
Команды победители выходили вместе с командами Динамо (Рига) и Зенит (Калининград М.о.) в финальный турнир команд РСФСР .
После двух туров представитель Тернопольской области «Динамо» Чортков был заменён на «Локомотив» Тернополь с сохранением в турнирной таблице результатов.
В зону входили команды южных областей УССР и Молдавской ССР. Победитель выходил в финал УССР и продолжал борьбу за выход в финал ССР третьей группы