Примера Уругвая 1999 года — очередной сезон чемпионата Уругвая по футболу. Чемпионом страны стал «Пеньяроль».
Ассоциация футбола Уругвая постановила, что в 1999 году к клубам Примеры добавились три команды из Интериора Уругвая (местности за пределами Монтевидео): «Депортиво Мальдонадо», «Пайсанду Белья Виста» и «Такуарембо», причём последний клуб не успел провести во Втором дивизионе ни единого сезона. Таким образом, по сравнению с 1998 годом число клубов Примеры расширилось до пятнадцати, представляющих 5 городов.
Чемпион Уругвая «Пеньяроль», а также чемпион и вице-чемпион Лигильи 1999 («Насьональ» и «Белья Виста») квалифицировались в Кубок Либертадорес 2000.
Выбыл из Примеры только один клуб, «Рампла Хуниорс» (по итогам двух последних сезонов, команда проиграла стыковые матчи «Расингу»), вместо неё пришли сразу три клуба — «Хувентуд Лас-Пьедрас», «Вилья Эспаньола» и «Расинг» (выигравший стыковые матчи). Кроме того, АУФ выдала специальное разрешение выступать в Примере следующего года вновь образованному футбольному клубу «Роча».