Сезон чемпионата Европы FIA GT3 2006 года стал первым сезоном чемпионата Европы FIA GT3 . Сезон начался 2 мая 2006 г. и закончился 17 сентября 2006 г. и состоял из десяти одночасовых гонок в течение пяти раундов.