Чемпионат Японии по Формуле-3 2009 года стал 31-м чемпионатом Японии по Формуле-3 . Он начался 4 апреля 2009 года и закончился 27 сентября.
Маркус Эрикссон стал первым чемпионом Швеции после титульной битвы, которая дошла до финального раунда Sportsland SUGO . Эрикссон выиграл со 112 очками, опередив своих товарищей по команде Такуто Игучи с 103 очками и Юдзи Кунимото с 97 очками. [1]