Впервые он был создан 11 мая 1943 года как 2-й боснийский корпус из 1-го боснийского корпуса вместе с 5-й дивизией. Практически все части 1-го боснийского корпуса были переданы 2-му боснийскому корпусу, включая 4-ю, 10-ю и 11-ю краинские дивизии, всего около 7500 солдат. Его командовал Славко Родич, а его политический комиссар Вельо Стойнич.
2-му боснийскому корпусу было приказано двинуться в восточную Боснию. Его противник, 369-я , 373-я , 114-я и 7- я немецкие дивизии СС , вместе с силами NDH и местными четниками насчитывали более 160 000 солдат. Это вынудило 2-й боснийский корпус вести партизанскую войну и избегать открытых боев.
5 октября 1943 года корпус был переименован в 5-й (боснийский) корпус . Он продолжал сражаться в Боснии, провел операцию в Баня-Луке и в мае 1944 года помог сопротивляться седьмому наступлению Германии в районе Дрвара . В последнем наступлении 1945 года он участвовал в окончательном освобождении многих мест в западной и центральной Боснии.
На последнем этапе войны 5-й корпус участвовал в Сараевской операции, наступая к северу от города, чтобы отрезать пути отхода немецкому гарнизону. Миссия не увенчалась полным успехом, так как основной части сил противника удалось отступить на северо-запад. Но части корпуса смогли войти в освобожденный Сараево вместе с другими партизанскими соединениями 2- го и 3-го корпусов .
5-й корпус был расформирован 22 апреля 1945 года, а его дивизии были добавлены во 2-ю армию .
