Лига чемпионов AFC 2006 года была 25-м розыгрышем азиатского клубного футбольного турнира высшего уровня и 4-м розыгрышем под текущим титулом Лиги чемпионов AFC. Аль-Иттихад автоматически вышел в четвертьфинал как обладатель Кубка.
Jeonbuk Hyundai Motors выиграла свой первый титул в Лиге чемпионов AFC после победы над «Аль-Карамой » со счетом 3–2 по сумме двух матчей в финале. Чонбук также стал первой командой в истории Азии, выигравшей Лигу чемпионов до титула национальной лиги (свой первый чемпионат К-лиги они выиграли три года спустя, в 2009 году ).
В общей сложности 28 клубов были разделены на 7 групп по четыре* в зависимости от региона, т.е. клубы из Восточной и Юго-Восточной Азии были распределены по группам от E до G, а остальные были сгруппированы по группам от A до D. Каждый клуб играл по системе двойной круговой системы ( дома и в гостях) против трех товарищей по группе, всего по 6 матчей у каждого. Клубы получали 3 очка за победу, 1 очко за ничью, 0 очков за поражение. Клубы ранжировались по набранным очкам, а тай-брейки располагались в следующем порядке:
*Поскольку два клуба из группы F и два клуба из группы G были дисквалифицированы, остальные клубы в группах F и G играли друг против друга дома и на выезде.
Все 8 клубов были подобраны случайным образом; однако единственным ограничением было то, что клубы из одной страны не могли встретиться друг с другом в четвертьфинале. Игры проводились в 2 матча, дома и в гостях, и по сумме очков определялся победитель матча. Если общий счет не мог определить победителя, использовалось «правило выездных голов». Если по-прежнему была ничья, клубы играли в дополнительное время, где по-прежнему применялось «правило забитых мячей на выезде». Если по-прежнему ничья, игра переходила к пенальти.