Anne O'Tate - это бесплатное веб-приложение [1], которое анализирует наборы записей, найденных в PubMed , библиографической базе данных статей из более чем 5 500 биомедицинских журналов со всего мира. Несмотря на то, что PubMed имеет свой собственный широкий диапазон параметров поиска для определения наборов записей, относящихся к запросу исследователей, ему не хватает возможности для дальнейшего анализа этих наборов записей, процесса, для которого использовались термины интеллектуальный анализ текста и детализация . Энн О'Тейт может выполнять такой анализ и обрабатывать наборы из 25 000 записей PubMed. [1]
Описание
После того, как набор статей был идентифицирован с использованием Anne O'Tate с его интерфейсом, подобным PubMed, и синтаксисом поиска, набор можно проанализировать, и слова и понятия, упомянутые в определенных `` полях '' (разделах) записей PubMed, могут отображаться в порядке частота. [2] «Поля», которые Энн О'Тейт может отображать таким образом:
Темы (MeSH)
Эта опция может помочь определить возможные медицинские предметные заголовки (известные как термины MeSH, но называемые Энн О'Тейт «Темы») для предмета, для которого нет соответствующего предметного заголовка или «входного термина» (перекрестные ссылки на предпочтительный термин MeSH) существует или когда процесс автоматического сопоставления PubMed (определение термина MeSH и включение его в поисковую формулировку) дает сбой.
Например, при поиске статей о «Передаче знаний» (для которых не существует соответствующего MeSH или термина) будет найден набор из примерно 530 исследований в PubMed (по состоянию на август 2011 г.); Анализ Энн О'Тейт предполагает, что такие термины MeSH, как «Распространение инноваций» или «Распространение информации», могут быть подходящими дополнительными понятиями для поиска более «чувствительного» (всеобъемлющего) набора ссылок. Этот метод определения возможных терминов MeSH недоступен на PubMed.
Авторы
Этот вариант может помочь в выявлении авторов, которые часто писали на данную тему, или в выявлении возможных экспертов или рецензентов.
Журналы
Выявление журналов, которые публикуют статьи по исследуемой теме, может помочь в выборе подходящих журналов для рассмотрения для рукописей или для подробного сканирования соответствующих статей («ручной поиск» [3] ), не найденных при поиске на PubMed.
Прочие поля
Также можно проанализировать принадлежность авторов (адреса) и годы публикации. Можно идентифицировать «важные слова» из заголовков и отрывков, которые могут «[...] чаще встречаться в подмножестве результатов, чем в MEDLINE в целом, поэтому они позволяют отличить подмножество результатов от остальной части MEDLINE» [4]. и помочь с дальнейшим уточнением поиска на PubMed. [5] [6] [7]
История
Энн О'Тейт (игра слов от слова «аннотировать») была разработана Нилом Р. Смалхайзером и группой исследователей из Чикагского университета . Это часть проекта Эрроусмит, который разработал такие инструменты, как собственно «Эрроусмит», приложение для сравнения текстов, [8] «Адам», база данных медицинских сокращений [9] и «Авторство» ( инструмент устранения неоднозначности автора), [10] «Компендиум», список биомедицинских инструментов интеллектуального анализа текста , и Энн О'Тейт. Проект основан на исследовании под руководством Дона Р. Свенсон в Университете Чикаго [11] , который проходил оригинальный инструмент. [12] Дальнейшие исследования проводились под руководством Нила Р. Смалхайзера из Иллинойского университета в Чикаго при финансовой поддержке Национального института здоровья . [13]
Другие приложения для анализа текста PubMed
Для PubMed был разработан широкий спектр приложений для анализа текста [4], использующих собственный интерфейс, например GoPubMed , ClusterMed или PubReMiner. Только Энн О'Тейт использует стандартный интерфейс PubMed, синтаксис поиска и некоторые его функции.
Рекомендации
- ^ a b Smalheiser, NR; Чжоу, Вт .; Торвик В.И. (2008). «Энн О'Тейт: инструмент для поддержки управляемой пользователем суммирования, детализации и просмотра результатов поиска PubMed» . Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества . 3 : 2. дои : 10,1186 / 1747-5333-3-2 . PMC 2276193 . PMID 18279519 .
- ^ Палидвор, Джорджия; Андраде-Наварро, Массачусетс (2010). «MLTrends: график использования терминов MEDLINE с течением времени» . Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества . 5 : 1–6. PMC 2990277 . PMID 20333611 .
- ^ Langham, J .; Thompson, E .; Роуэн, К. (1999). «Идентификация рандомизированных контролируемых испытаний из литературы по экстренной медицине: сравнение ручного поиска и поиска в MEDLINE». Летопись неотложной медицины . 34 (1): 25–34. DOI : 10.1016 / s0196-0644 (99) 70268-4 . PMID 10381991 .
- ^ а б Лу, З. (2011). «PubMed и не только: обзор веб-инструментов для поиска биомедицинской литературы» . База данных . 2011 : baq036. DOI : 10,1093 / базы данных / baq036 . PMC 3025693 . PMID 21245076 .
- ^ Вильчинский, Нидерланды; Уокер, CJ; McKibbon, KA; Хейнс, РБ (1995). «Причины потери чувствительности и специфичности методологических терминов и текстовых слов MeSH в MEDLINE» . Ход работы. Симпозиум по компьютерным приложениям в медицине: 436–440. PMC 2579130 . PMID 8563319 .
- ^ Гринхал, Т. (1997). «Как читать газету. База данных Medline» . BMJ (под ред. Клинических исследований) . 315 (7101): 180–183. DOI : 10.1136 / bmj.315.7101.180 . PMC 2127107 . PMID 9251552 .
- ^ Smalheiser, NR; Чжоу, Вт .; Торвик В.И. (2011). «Распространение« характерных »терминов в литературе MEDLINE» . Информация . 2 (4): 266–276. DOI : 10.3390 / info2020266 .
- ^ Smalheiser, NR; Торвик, В.И.; Чжоу, В. (2009). «Двухузловой поисковый интерфейс Arrowsmith: учебное пособие по поиску значимых связей между двумя разрозненными наборами статей в MEDLINE» . Компьютерные методы и программы в биомедицине . 94 (2): 190–197. DOI : 10.1016 / j.cmpb.2008.12.006 . PMC 2693227 . PMID 19185946 .
- ^ Чжоу, Вт .; Торвик, В.И.; Смальхайзер, Н.Р. (2006). «АДАМ: Еще одна база сокращений в MEDLINE» . Биоинформатика . 22 (22): 2813–2818. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl480 . PMID 16982707 .
- ^ Торвик, В.И.; Смальхайзер, Н. Р. (2009). "Устранение неоднозначности имени автора в MEDLINE" . ACM-транзакции при обнаружении знаний из данных . 3 (3): 1-29. DOI : 10.1145 / 1552303.1552304 . PMC 2805000 . PMID 20072710 .
- ^ Swanson, DR; Smalheiser, NR (лето 1999 г.). «Неявные текстовые связи между записями в Medline: использование Эроусмита как средство научного открытия» (PDF) . Библиотечные тенденции . 48 (1): 48–59 . Проверено 4 июля 2011 года .
- ^ «Эроусмит-2 на Linux» . Чикагский университет. Архивировано из оригинала 18 июня 2009 года . Проверено 4 июля 2011 года .
- ^ Smalheiser, NR (октябрь 2005 г.). «Проект Эроусмит: отчет о состоянии дел за 2005 год» . Наука открытия . 8-я международная конференция по науке открытий. Конспект лекций по информатике. 3735 . С. 26–43. DOI : 10.1007 / 11563983_5 . ISBN 978-3-540-29230-2.
Внешние ссылки
- Энн О'Тейт
- Домашняя страница PubMed
- Информационный бюллетень по медицинским предметным рубрикам
- "Домашняя страница проекта" Эрроусмит " . Иллинойский университет в Чикаго, факультет психиатрии. 20 декабря 2007 . Проверено 4 июля 2011 года .