Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Avsunviroidae
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство :incertae sedis
Королевство:incertae sedis
Тип:incertae sedis
Класс:incertae sedis
Заказ:incertae sedis
Семья:Avsunviroidae
Роды

Avsunviroidae представляют собой семейство вироидов . Существует четыре вида трех родов ( авсунвироид , элавироид и пеламовироид ). [1] Они состоят из геномов РНК длиной 246–375 нуклеотидов . Они представляют собой одноцепочечные ковалентные круги и имеют внутримолекулярное спаривание оснований. У всех членов отсутствует центральный охраняемый регион. [2]

Репликация [ править ]

Репликация происходит в хлоропластах растительных клеток. Ключевые особенности репликации включают отсутствие необходимости в вирусе-помощнике и кодировании белков. В отличие от другого семейства вироидов , Pospiviroidae , AvsunviroidaeСчитается, что они воспроизводятся с помощью симметричного механизма качения. Считается, что положительная цепь РНК действует как матрица для формирования отрицательных цепей с помощью фермента, который считается РНК-полимеразой плюс 3 II. Затем отрицательные цепи РНК расщепляются под действием рибозима и циркулируют. Второй механизм катящегося круга формирует положительную цепь, которая также расщепляется под действием рибозима, а затем лигируется, чтобы стать кольцевой. Сайт репликации неизвестен, но предполагается, что он находится в хлоропласте и в присутствии ионов Mg 2+ . [2]

Структура [ править ]

Согласно предсказаниям структуры, они существуют либо в виде палочкообразных молекул с областями спаривания оснований, вызывающих образование петель для волос, либо имеют разветвленную конфигурацию. [2] [3]

В семействе есть четыре отрезка консервативных нуклеотидов, Guuuc, uc, UCAG, acот 5 до 3 футов, плюс их пары Уотсон-Крик на другом конце петли. Это часть рибозима в форме головки молотка . [1]

Классификация [ править ]

В семье три рода, всего пять видов. [2]

Обнаружение [ править ]

Отсутствие длинной центральной консервативной области затрудняет идентификацию Avsunviroidae, чем Pospiviroidae . Методом их обнаружения является использование их округлости: компьютер может собрать воедино множество перекрывающихся считываний, которые при линейном размещении образуют повторы. [4]

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б Ди Серио, F; Ли, SF; Matoušek, J; Оуэнс, РА; Паллас, V; Randles, JW; Сано, Т; Верховен, JTJ; Видалакис, G; Флорес, Р. Отчет Ictv, Консорциум (май 2018 г.). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Avsunviroidae" . Журнал общей вирусологии . 99 (5): 611–612. DOI : 10,1099 / jgv.0.001045 . PMID  29580320 .
  2. ^ a b c d "Интернет-отчет ICTV Avsunviroidae" .
  3. ^ Giguère, T; Адкар-Пурушотхама, ЧР; Bolduc, F; Перро, JP (октябрь 2014 г.). «Выяснение структуры всех членов семейства Avsunviroidae» . Молекулярная патология растений . 15 (8): 767–79. DOI : 10.1111 / mpp.12130 . PMC 6638799 . PMID 25346967 .  
  4. ^ Ву, Q; Ван, Y; Цао, М; Панталео, V; Burgyan, J; Ли, WX; Ding, SW (6 марта 2012 г.). «Независимое от гомологии открытие репликации патогенных кольцевых РНК путем глубокого секвенирования и нового вычислительного алгоритма» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (10): 3938–43. Bibcode : 2012PNAS..109.3938W . DOI : 10.1073 / pnas.1117815109 . PMC 3309787 . PMID 22345560 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Отчет ICTV Online (10-й) ; Avsunviroidae
  • MicrobiologyBytes: Вироиды , заархивировано из оригинала 24 февраля 2007 г. , извлечено 16 марта 2007 г.
  • Описание вирусов растений - Avsunviroidae , получено 16 марта 2007 г.
  • ИССЛЕДОВАНИЯ КАТАЛИТИЧЕСКИХ МОЛЕКУЛ РНК, ОТНОСЯЩИЕСЯ К ГИПОТЕЗЕ МИРА РНК (PDF) , заархивировано из оригинала (PDF) на 2011-07-22