Система Barcode of Life Data (широко известная как BOLD или BOLDSystems ) - это веб-платформа, специально предназначенная для штрих-кодирования ДНК . [1] [2] Это облачная платформа для хранения и анализа данных, разработанная Центром геномики биоразнообразия в Канаде. Он состоит из четырех основных модулей, портала данных, образовательного портала, реестра BIN (предполагаемых видов) и инструментария для сбора и анализа данных, который обеспечивает онлайн-платформу для анализа последовательностей ДНК . [2]С момента запуска в 2005 году BOLD был расширен и теперь предоставляет ряд функций, включая организацию данных, проверку, визуализацию и публикацию. Самая последняя версия системы, версия 4, запущенная в 2017 году, содержит ряд улучшений, поддерживающих сбор и анализ данных, но также включает новые функции, улучшающие распространение, цитирование и аннотации данных. [3] До 16 ноября 2020 года BOLD уже содержал последовательности штрих-кодов для 318 105 официально описанных видов животных, растений, грибов, простейших (~ 8,9 миллиона экземпляров). [4]
BOLD доступен для любого исследователя, интересующегося штрих-кодированием ДНК . Предоставляя специализированные услуги, он помогает в публикации записей, соответствующих стандартам, необходимым для присвоения статуса BARCODE в международных базах данных нуклеотидных последовательностей. Благодаря веб-доставке и гибкой модели безопасности данных, он также имеет хорошие возможности для поддержки проектов, в которых участвуют широкие исследовательские альянсы. [3]
Публикация данных BOLD в основном возникла в результате проекта BARCODE 500K, реализуемого Международным консорциумом штрих-кода жизни (iBOL) с 2010 по 2015 год. Он был направлен на сбор данных записей штрих-кода ДНК для 5 миллионов образцов, представляющих 500 тысяч видов. Весь сбор образцов, определение последовательностей, сортировка информации вносятся большим количеством ученых, сотрудников и организаций из разных стран мира. Накопление данных увеличивает точность идентификации штрих-кода ДНК и облегчает получение штрих-кода жизни.
Вторичные базы данных: UniProt , база данных последовательностей белков, объединяющая Swiss-Prot , TrEMBL и Protein Information Resource
Другие базы данных: Protein Data Bank , Ensembl и InterPro
Специализированные геномные базы данных: BOLD , База данных генома Saccharomyces , FlyBase , VectorBase , WormBase , База данных генома крыс , PHI-база , информационный ресурс Arabidopsis и информационная сеть по рыбкам данио
Программного обеспечения
ВЗРЫВ
Галстук-бабочка
Clustal
EMBOSS
HMMER
МЫШЦЫ
SAMtools
Набор SOAP
TopHat
Другой
Сервер: ExPASy
Онтология: онтология генов
Розалинд (образовательная платформа)
Учреждения
Broad Institute
Китайский национальный генетический банк (CNGB)
Отдел вычислительной биологии (CBD)
Microsoft Research - Центр вычислительной и системной биологии Университета Тренто (COSBI)
Центр баз данных для наук о жизни (DBCLS)
Банк данных ДНК Японии (DDBJ)
Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI)
Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL)
Институт Флэтайрон
Институт Дж. Крейга Вентера (JCVI)
Институт молекулярной клеточной биологии и генетики Макса Планка (MPI-CBG)
Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI)
Японский институт генетики
Нидерландский центр биоинформатики (NBIC)
Филиппинский геномный центр (PGC)
Scripps Research
Швейцарский институт биоинформатики (SIB)
Институт Wellcome Sanger
Институт Уайтхеда
Организации
Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии (ASBCB)
Ресурсы по биоинформатике Австралии (EMBL-AR)
Европейская сеть молекулярной биологии (EMBnet)
Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (INSDC)
Международное общество биодокументации (ISB)
Международное общество вычислительной биологии (ISCB)
Студенческий совет (ISCB-SC)
Институт геномики и интегративной биологии (CSIR-IGIB)
Японское общество биоинформатики (JSBi)
Встречи
Базель вычислительной биологии конференции ([BC 2 ])
Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB)
Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB)
Международная конференция по биоинформатике (InCoB)
Конференция ISCB Africa ASBCB по биоинформатике
Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB)
Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (РЕКОМБ)