Ассоциация была создана в январе 1912 года в отеле «Zum Hasenfuß». С момента своего основания и до конца 1970-х годов клуб играл за команду низшего дивизиона, и его первый заметный успех пришелся на 1978 год, когда команда вышла в Ландеслигу Гессен-Норд (V) и вышла в финал Хессенпокаля в 1980 году. Несмотря на поражение со счетом 0–2 от «РСВ Вюргес», клуб получил право на участие в своем первом турнире DFB-Pokal . Флиден был нокаутирован в первом раунде со счетом 2. Команда Бундеслиги « Ингольштадт 04» со счетом 1–4 при 2000 зрителях.
Завоевание титула Ландеслиги в 1996 году привело к их первому восхождению в Оберлигу Гессен (IV), где они отыграли один сезон. Флиден зарекомендовал себя как постоянный игрок высшей любительской лиги Гессена с момента своего возвращения в Оберлигу в 2001 году, ненадолго опустившись в Вербандслигу в 2009–10 годах, прежде чем немедленно вернуться. Заняв последнее место в лиге в сезоне 2015–16, Бухония Флиден снова вылетела из Хессенлиги.