Вагнер проработал три года в команде Кларксона . Он объединился с другим уроженцем Пембрука Пэтом Брофи, чтобы сформировать крепкую защитную пару для «Золотых рыцарей» и помог Кларксону занять верхние строчки турнирной таблицы ECAC в последних двух сезонах. Вагнер помог своей команде выйти на чемпионский титул в 1962 году, но команда потерпела поражение от Michigan Tech и проиграла матч 1–8. Вагнера назначили капитаном командыза свой старший сезон и привел рыцарей к финишу вторым. Он был назван Всеамериканским за его защитную работу и попытался вернуть Золотых рыцарей в турнир NCAA. Кларксон получил второе место в турнире конференции, но в полуфинале уступил очень сильной команде Гарварда . «Золотые рыцари» выиграли утешительную игру и считали, что их сезон окончен, однако школы Лиги плюща были в разгаре спора с NCAA по поводу права игроков, и Гарвард отклонил приглашение на турнир NCAA. Кларксон, занявший третье место в турнире ECAC, получил предложение Гарварда, и они согласились. Золотые рыцари не смогли одолеть Денвер в полуфинале, но выиграли утешительную игру, завершив сезон на высокой ноте.
