Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Канал трансмембранного катион надсемейства был определен в Interpro и Pfam как семейство тетрамерных ионных каналов . К ним относятся каналы натрия , калия , [1] кальция , рианодина , HCN , CNG , CatSper и TRP . Эта большая группа ионных каналов , очевидно , включает в себя семьи 1.A.1 , 1.A.2 , 1.A.3 и 1.A.4 из транспортерной классификации TCDB .

Они описываются как минимально имеющие две трансмембранные спирали, фланкирующие петлю, которая определяет ионную селективность поры канала. Многие эукариотические каналы имеют четыре дополнительных трансмембранных спирали (TM) ( Pfam PF00520 ), связанных или рудиментарных по стробированию напряжения . Белки только с двумя трансмембранными спиралями ( Pfam PF07885 ) чаще всего встречаются у бактерий. Сюда также входят калиевые каналы внутреннего выпрямителя 2-TM ( Pfam PF01007) встречается в основном у эукариот. Обычно существуют дополнительные регуляторные домены, которые служат для регулирования ионной проводимости и стробирования каналов. Поры также могут представлять собой гомотетрамеры или гетеротетрамеры ; где гетеротетрамеры могут кодироваться как отдельные гены или как домены с множеством пор внутри одного полипептида. В HVCN1 и тирозин-фосфатазы белка Предполагаемые белки не содержат ожидаемой ионной проводимости пор домен, а имеют гомологии только к области датчика напряжения от напряжения ионных каналов .

Человеческие каналы с 6 спиралями TM [ править ]

Катион [ править ]

Переходный рецепторный потенциал [ править ]

Канонический [ править ]
  • TRPC1 ; TRPC3 ; TRPC4 ; TRPC5 ; TRPC6 ; TRPC7
Меластатин [ править ]
  • TRPM1 ; TRPM2 ; TRPM3 ; TRPM4 ; TRPM5 ; TRPM6 ; TRPM7 ; TRPM8
Ваниллоид [ править ]
  • TRPV1 ; TRPV2 ; TRPV3 ; TRPV4 ; TRPV5 ; TRPV6
Муколипин [ править ]
  • MCOLN1 ; MCOLN2 ; MCOLN3 ;
Анкирин [ править ]
  • TRPA1
ГТО [ править ]
  • PKD1L3 ;

Кальций [ править ]

Зависит от напряжения [ править ]

  • CACNA1A ; CACNA1B ; CACNA1C ; CACNA1D ; CACNA1E ; CACNA1F ; CACNA1G ; CACNA1H ; CACNA1I ; CACNA1S

Сперма [ править ]

  • CATSPER1 ; CATSPER2 ; CATSPER3 ; CATSPER4

Рецептор рианодина [ править ]

  • RYR1 ; RYR2 ; RYR3

Калий [ править ]

Калий с ограничением по напряжению [ править ]

Выпрямитель с задержкой [ править ]
  • K v α1.x - связанные с шейкером : K v 1.1 ( KCNA1 ), K v 1.2 ( KCNA2 ), K v 1.3 ( KCNA3 ), K v 1.5 ( KCNA5 ), K v 1.6 ( KCNA6 ), K v 1.7 ( KCNA7) ), K v 1.8 ( KCNA10 )
  • K v α2.x - связанные с Шабом: K v 2.1 ( KCNB1 ), K v 2.2 ( KCNB2 )
  • K v α3.x - связанные с Шоу: K v 3.1 ( KCNC1 ), K v 3.2 ( KCNC2 )
  • K v α7.x: K v 7,1 ( KCNQ1 ) - KvLQT1 , K v 7,2 ( KCNQ2 ), K v 7,3 ( KCNQ3 ), K v 7,4 ( KCNQ4 ), K v 7,5 ( KCNQ5 )
  • K v α10.x: K v 10.1 ( KCNH1 )
Калий А-типа [ править ]
  • K v α1.x - Связано с шейкером: K v 1.4 ( KCNA4 )
  • K v α3.x - связанные с Шоу: K v 3.3 ( KCNC3 ), K v 3.4 ( KCNC4 )
  • K v α4.x - связанные с Shal: K v 4.1 ( KCND1 ), K v 4.2 ( KCND2 ), K v 4.3 ( KCND3 )
Внешнее исправление [ править ]
  • K v α10.x: K v 10,2 ( KCNH5 )
Внутренне-исправляющий [ править ]
  • K v α11.x - эфирные калиевые каналы : K v 11,1 ( KCNH2 ) - hERG , K v 11,2 ( KCNH6 ), K v 11,3 ( KCNH7 )
Медленно активируется [ править ]
  • K v α12.x: K v 12,1 ( KCNH8 ), K v 12,2 ( KCNH3 ), K v 12,3 ( KCNH4 )
Модификатор / глушитель [ править ]
  • K v α5.x: K v 5,1 ( KCNF1 )
  • K против α6.x: K против 6,1 ( KCNG1 ), K против 6,2 ( KCNG2 ), K против 6,3 ( KCNG3 ), K против 6,4 ( KCNG4 )
  • K против α8.x: K против 8,1 ( KCNV1 ), K против 8,2 ( KCNV2 )
  • K против α9.x: K против 9,1 ( KCNS1 ), K против 9,2 ( KCNS2 ), K против 9,3 ( KCNS3 )

Активированный кальцием [ править ]

BK [ править ]
  • K Ca 1.1 (BK, Slo1, Maxi-K, KCNMA1 )
СК [ править ]
  • K Ca 2.x: K Ca 2.1 ( KCNN1 ) - SK1, K Ca 2.2 ( KCNN2 ) - SK2, K Ca 2.3 ( KCNN3 ) - SK3
  • K Ca 3.x: K Ca 3.1 ( KCNN4 ) - SK4
  • K Ca 4.x: K Ca 4,1 ( KCNT1 ) - SLACK, K Ca 4,2 ( KCNT2 ) - SLICK
IK [ править ]
  • K Ca 3.1 (IKCa1, SK4 , KCNN4 )
Другие подсемейства [ править ]
  • K Ca 5,1 (Slo3, KCNU1 )

Внутренний выпрямитель калия [ править ]

Натрий [ править ]

  • NALCN
  • SCN1A ; SCN2A ; SCN2A2 ; SCN3A ; SCN4A ; SCN5A ; SCN7A ; SCN8A ; SCN9A ; SCN10A ; SCN11A
  • SLC9A10 ; SLC9A11

Циклический нуклеотид-управляемый [ править ]

  • CNGA1 ; CNGA2 ; CNGA3 ; CNGA4
  • CNGB1 ; CNGB3
  • HCN1 ; HCN2 ; HCN3 ; HCN4
  • ITPR1 ; ITPR2 ; ITPR3

Протон [ править ]

  • HVCN1

Связанные белки [ править ]

  • TPTE , часть большого семейства чувствительных к напряжению фосфатаз

Человеческие каналы с 2 спиралями TM в каждой субъединице [ править ]

Калий [ править ]

Калиевый канал тандемной поровой области [ править ]

  • KCNK1 ; KCNK2 ; KCNK3 ; KCNK4 ; KCNK5 ; KCNK6 ; KCNK7 ; KCNK9 ; KCNK10 ; KCNK12 ; KCNK13 ; KCNK15 ; KCNK16 ; KCNK17 ; KCNK18

Нечеловеческие каналы [ править ]

Двухпористый [ править ]

  • TPCN1
  • TPCN2

Калий только пористый [ править ]

  • KcsA

Калий, управляемый лигандами [ править ]

  • GluR0 [2]

Калий с ограничением по напряжению [ править ]

  • КваП [3]

Прокариотический KCa [ править ]

  • Кч [4] [5]
  • MthK [6] [7] [8] [9] [10]
  • TrkA / TrkH [11] [12]
  • KtrAB [13]
  • ГсуК [14]
  • TM1088 [15]

Калий, управляемый по напряжению и циклическим нуклеотидам [ править ]

  • MlotiK1 [16]

Натрий [ править ]

  • NaChBac [17]
  • NaVAb [18]
  • NaVAe1 [19]
  • NaVAp [20]
  • NaVMm [21]

Неселективный [ править ]

  • NaK [22]

Прокариотический внутренний выпрямитель калия [ править ]

  • КирБак [23]

Разработано [ править ]

  • NaK2CNG [24]
  • NaK2K [25]

Ссылки [ править ]

  1. Choe S (февраль 2002 г.). «Структуры калиевых каналов». Обзоры природы. Неврология . 3 (2): 115–21. DOI : 10.1038 / nrn727 . PMID  11836519 . S2CID  825973 .
  2. Chen GQ, Cui C, Mayer ML, Gouaux E (декабрь 1999 г.). «Функциональная характеристика калий-селективных прокариотических рецепторов глутамата». Природа . 402 (6763): 817–21. Bibcode : 1999Natur.402..817C . DOI : 10.1038 / 45568 . PMID 10617203 . S2CID 4391943 .  
  3. Jiang Y, Lee A, Chen J, Ruta V, Cadene M, Chait BT, MacKinnon R (май 2003 г.). «Рентгеновская структура зависимого от напряжения К + канала» . Природа . 423 (6935): 33–41. Bibcode : 2003Natur.423 ... 33J . DOI : 10,1038 / природа01580 . PMID 12721618 . S2CID 4347957 .  
  4. Перейти ↑ Milkman R (апрель 1994). «Гомолог Escherichia coli белков эукариотических калиевых каналов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (9): 3510–4. Bibcode : 1994PNAS ... 91.3510M . DOI : 10.1073 / pnas.91.9.3510 . PMC 43609 . PMID 8170937 .  
  5. ^ Цзян Y, Пико A, Cadene M, Хаит BT, Маккиннон R (март 2001). «Структура домена RCK из K + канала E. coli и демонстрация его присутствия в BK-канале человека». Нейрон . 29 (3): 593–601. DOI : 10.1016 / s0896-6273 (01) 00236-7 . PMID 11301020 . S2CID 17880955 .  
  6. ^ Цзян У, Ли A, Chen J, M Cadene, Хаит BT, Маккиннон R (май 2002). «Кристаллическая структура и механизм кальциевого калиевого канала». Природа . 417 (6888): 515–22. Bibcode : 2002Natur.417..515J . DOI : 10.1038 / 417515a . PMID 12037559 . S2CID 205029269 .  
  7. ^ Smith FJ, Pau В.П., Cingolani G, Rothberg BS (2013). «Структурная основа аллостерических взаимодействий между Ca2 + -связывающими сайтами в домене RCK K + канала» . Nature Communications . 4 : 2621. Bibcode : 2013NatCo ... 4.2621S . DOI : 10.1038 / ncomms3621 . PMID 24126388 . 
  8. Ye S, Li Y, Chen L, Jiang Y (сентябрь 2006 г.). «Кристаллические структуры безлигандного стробирующего кольца MthK: понимание механизма стробирования лигандов K + каналов». Cell . 126 (6): 1161–73. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.08.029 . PMID 16990139 . S2CID 418563 .  
  9. ^ Dvir H, Valera E, Чхве S (август 2010). «Структура MthK RCK в комплексе с кадмием» . Журнал структурной биологии . 171 (2): 231–7. DOI : 10.1016 / j.jsb.2010.03.020 . PMC 2956275 . PMID 20371380 .  
  10. ^ Smith FJ, Pau В.П., Cingolani G, Rothberg BS (декабрь 2012). «Кристаллическая структура затворного кольца, связанного с Ba (2 +), выявляет элементарные этапы активации домена RCK» . Структура . 20 (12): 2038–47. DOI : 10.1016 / j.str.2012.09.014 . PMC 3518701 . PMID 23085076 .  
  11. ^ Као У, Джин Х, Хуанг Н, Derebe М.Г., Левин Е.Ю., Kabaleeswaran В, Пан Y, Пунт М, любовь J, Вэн J, Быстрые М, Е. S, Клосс В, Бруни R, Мартинес-Хаккерт Е, Хендриксон WA , Рост Б., Джавич Дж. А., Раджашанкар К. Р., Цзян Ю., Чжоу М. (март 2011 г.). «Кристаллическая структура переносчика ионов калия ТрхХ» . Природа . 471 (7338): 336–40. Bibcode : 2011Natur.471..336C . DOI : 10,1038 / природа09731 . PMC 3077569 . PMID 21317882 .  
  12. Перейти ↑ Cao Y, Pan Y, Huang H, Jin X, Levin EJ, Kloss B, Zhou M (апрель 2013 г.). «Стробирование ионного канала TrkH с помощью связанного с ним белка RCK TrkA» . Природа . 496 (7445): 317–22. Bibcode : 2013Natur.496..317C . DOI : 10,1038 / природа12056 . PMC 3726529 . PMID 23598339 .  
  13. ^ Виейра-Пирес RS, Сёллёши A, Мораиш-Кабрал JH (апрель 2013 г. ). «Строение транспортера калия KtrAB». Природа . 496 (7445): 323–8. Bibcode : 2013Natur.496..323V . DOI : 10,1038 / природа12055 . hdl : 10216/110345 . PMID 23598340 . S2CID 205233489 .  
  14. ^ Kong C, Цзэн W, Е. S, Chen L, Sauer DB, Lam Y, Derebe MG, Цзян Y (декабрь 2012). «Отчетливые механизмы стробирования, выявленные структурами мультилигандного закрытого K (+) канала» . eLife . 1 : e00184. DOI : 10.7554 / eLife.00184 . PMC 3510474 . PMID 23240087 .  
  15. ^ Deller MC, Johnson HA, Miller MD, Spraggon G, Elsliger MA, Wilson IA, Lesley SA (2015). «Кристаллическая структура двухсубъектного октамерного затворного кольца TrkA» . PLOS ONE . 10 (3): e0122512. Bibcode : 2015PLoSO..1022512D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0122512 . PMC 4380455 . PMID 25826626 .  
  16. ^ Clayton GM, Альтьери S, L Heginbotham, Unger В.М., Мораиш-Кабрал JH (февраль 2008). «Структура трансмембранных областей бактериального канала, регулируемого циклическими нуклеотидами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (5): 1511–5. Bibcode : 2008PNAS..105.1511C . DOI : 10.1073 / pnas.0711533105 . PMC 2234175 . PMID 18216238 .  
  17. Ren D, Navarro B, Xu H, Yue L, Shi Q, Clapham DE (декабрь 2001 г.). «Прокариотический потенциалзависимый натриевый канал». Наука . 294 (5550): 2372–5. Bibcode : 2001Sci ... 294.2372R . DOI : 10.1126 / science.1065635 . PMID 11743207 . S2CID 5721075 .  
  18. ^ Payandeh Дж, Шойера Т, Чжэн N, Catterall WA (июль 2011). «Кристаллическая структура потенциалозависимого натриевого канала» . Природа . 475 (7356): 353–8. DOI : 10,1038 / природа10238 . PMC 3266868 . PMID 21743477 .  
  19. ^ Шая Д, Findeisen Ж, Abderemane-Али Ж, Arrigoni С, Вонг S, Nurva SR, Loussouarn G, Малую DL (январь 2014). «Структура поры прокариотического натриевого канала выявляет важные запирающие элементы и внешний сайт связывания ионов, общий для эукариотических каналов» . Журнал молекулярной биологии . 426 (2): 467–83. Bibcode : 2014BpJ ... 106..130A . DOI : 10.1016 / j.jmb.2013.10.010 . PMC 3947372 . PMID 24120938 .  
  20. ^ Чжан Х, Рен Вт, Decaen Р, Ян С, Тао Х, Тан л, Ван - J, Hasegawa К, Т Kumasaka, Он Дж, Ван - J, Клэпхем ДЕ, Ян Н (май 2012). «Кристаллическая структура ортолога потенциалзависимого натриевого канала NaChBac» . Природа . 486 (7401): 130–4. Bibcode : 2012Natur.486..130Z . DOI : 10.1038 / nature11054 . PMC 3979295 . PMID 22678295 .  
  21. ^ Маккаскер EC, Bagnéris C, Нейлор CE, Коул AR, D'Avanzo N, Nichols CG, Уоллес BA (2012). «Структура поры бактериального потенциалзависимого натриевого канала выявляет механизмы открытия и закрытия» . Nature Communications . 3 : 1102. Bibcode : 2012NatCo ... 3.1102M . DOI : 10.1038 / ncomms2077 . PMC 3493636 . PMID 23033078 .  
  22. Shi N, Ye S, Alam A, Chen L, Jiang Y (март 2006 г.). «Атомная структура Na + - и K + -проводящего канала». Природа . 440 (7083): 570–4. Bibcode : 2006Natur.440..570S . DOI : 10,1038 / природа04508 . PMID 16467789 . S2CID 4355500 .  
  23. ^ Дурелл SR, Guy HR (2001). «Семейство предполагаемых калиевых каналов Кир в прокариотах» . BMC Evolutionary Biology . 1 : 14. DOI : 10.1186 / 1471-2148-1-14 . PMC 64639 . PMID 11806753 .  
  24. ^ Derebe MG, Sauer DB, Цзэн W, Alam A, Ши N, Цзян Y (январь 2011). «Настройка ионной селективности тетрамерных катионных каналов путем изменения количества сайтов связывания ионов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (2): 598–602. Bibcode : 2011PNAS..108..598D . DOI : 10.1073 / pnas.1013636108 . PMC 3021048 . PMID 21187421 .  
  25. Перейти ↑ Sauer DB, Zeng W, Raghunathan S, Jiang Y (октябрь 2011 г.). «Взаимодействия белков имеют центральное значение для стабилизации фильтра селективности K + -каналов в четырехуровневой конфигурации для селективного проникновения K +» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (40): 16634–9. Bibcode : 2011PNAS..10816634S . DOI : 10.1073 / pnas.1111688108 . PMC 3189067 . PMID 21933962 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • «Ионные каналы с регулируемым напряжением» . База данных рецепторов и ионных каналов IUPHAR . Международный союз фундаментальной и клинической фармакологии.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR005821