Ботанический музей в Копенгагене возник как часть Копенгагенского ботанического сада , который был основан в 1600 году. Позже он был выделен в самостоятельное учреждение. С 2004 года Ботанический музей входит в состав Музея естественной истории Дании при Копенгагенском университете . В нем нет выставок, открытых для публики.