ДНК-полимераза лямбда

ОПРОС

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
1NZP , 1RZT , 1XSL , 1XSN , 1XSP , 2BCQ , 2BCR , 2BCS , 2BCU , 2BCV , 2GWS , 2JW5 , 2PFN , 2PFO , 2PFP , 2PFQ , 3C5F , 3C5G , 3HW8 , 3HWT , 3HX0 , 3MDA , 3MDC , 3MGH , 3MGI , 3ПМЛ , 3ПМН, 3PNC , 3UPQ , 3UQ0 , 3UQ2 , 4FO6 , 4K4G , 4K4H , 4K4I , 4XA5 , 4XUS , 4X5V , 5CR0 , 4XQ8 , 5CJ7 , 5DKW , 5CP2 , 5DDY , 5DDM , 5CB1 , 5CWR , 4XRH , 5CHG , 5CA7

Идентификаторы

Псевдонимы

ОПРОС , бетанская, POLKAPPA, полимеразы (ДНК) лямбдаДНКполимераза лямбда

Внешние идентификаторы

OMIM: 606343 MGI: 1889000 HomoloGene: 40863 GeneCards: ОПРОС

Расположение гена (человек)

Chr.	Хромосома 10 (человека) ^[1]

Группа	10q24.32	Начинать	101 578 882 п.н. ^[1]
Группа	10q24.32	Конец	101 588 270 п.н. ^[1]

Расположение гена (Мышь)

Chr.	Хромосома 19 (мышь) ^[2]

Группа	19 \| 19 C3	Начинать	45 552 275 п.н. ^[2]
Группа	19 \| 19 C3	Конец	45 560 531 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• активность трансферазы • связывание ДНК • активность нуклеотидилтрансферазы • связывание с белками GO: 0001948 • связывание ионов металлов • лиазная активность • ДНК-направленная активность ДНК-полимеразы • 5'-дезоксирибозо-5-фосфатлиазная активность • ДНК-полимераза • ДНК-полимеразная активность
Сотовый компонент	• ядро клетки • нуклеоплазма
Биологический процесс	• репликация ДНК • нуклеотид-эксцизионная репарация • соматическая гипермутация генов иммуноглобулина • клеточного ответ на повреждениях ДНК стимул • репарацию ДНК • двухцепочечный ремонт разрыва с помощью гомологичной рекомбинации • ремонта основного иссечения, заполнение зазора • двухцепочечный ремонта разрыва через негомологичны соединение концов • Процесс биосинтеза ДНК
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


27343


56626

Ансамбль


ENSG00000166169


ENSMUSG00000025218

UniProt


Q9UGP5


Q9QUG2 Q9QXE2

RefSeq (мРНК)


NM_001174084 NM_001174085 NM_001308382 NM_013274


NM_020032 NM_001330506 NM_001330507

RefSeq (белок)


NP_001167555 NP_001167556 NP_001295311 NP_037406

NP_001334531 NP_001334532 NP_001334533 NP_001334535 NP_036178
NP_001317435 NP_001317436 NP_064416

Расположение (UCSC)

Chr 10: 101,58 - 101,59 Мб

Chr 19: 45,55 - 45,56 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

ДНК-полимераза лямбда , также известная как Pol λ , представляет собой фермент, обнаруженный во всех эукариотах . В организме человека он кодируется POLL гена . ^[5]^[6]

Функция [ править ]

Pol λ является членом X семейства из ДНК - полимераз . Считается, что он повторно синтезирует недостающие нуклеотиды во время негомологичного соединения концов (NHEJ), пути репарации двухцепочечных разрывов ДНК (DSB) . ^[7]^[8] NHEJ является основным путем репарации DSB ДНК у высших эукариот. Хромосомные DSB являются наиболее серьезным типом повреждения ДНК . Во время NHEJ дуплексы, созданные выравниванием разорванных концов ДНК, обычно содержат небольшие промежутки, которые необходимо заполнить ДНК-полимеразой . Эту функцию может выполнять ДНК-полимераза лямбда. ^[9]

Кристаллическая структура pol λ показывает, что, в отличие от ДНК-полимераз, которые катализируют репликацию ДНК , pol λ устанавливает обширные контакты с 5'-фосфатом нижерасположенной цепи ДНК. Это позволяет полимеразе стабилизировать два конца двухцепочечного разрыва и объясняет, как pol λ однозначно подходит для роли в негомологичном соединении концов. ^[10]

Помимо NHEJ, pol λ также может участвовать в эксцизионной репарации оснований (BER), где он обеспечивает резервную активность в отсутствие Pol β . ^[11]^[12] BER является основным путем восстановления небольших повреждений оснований в результате алкилирования , окисления, депуринизации / депиримидирования и дезаминирования ДНК.

Помимо своего каталитического полимеразного домена, pol λ имеет домен 8 кДа и домен BRCT . Домен 8 кДа обладает лиазной активностью, которая может удалять 5'-дезоксирибозофосфатную группу с конца разрыва цепи. ^[13] Домен BRCT - это фосфопептид-связывающий домен, который является общим для белков репарации ДНК и, вероятно, участвует в координации белок-белковых взаимодействий. ^[14] Pol λ структурно и функционально связан с pol μ , другим членом семейства X, который также участвует в негомологичном соединении концов . ^[15] Подобно pol μ, pol λ участвует в рекомбинации V (D) J, процессе, посредством которого B-клетки и рецепторы T-клетокразнообразие создается в иммунной системе позвоночных . В то время как pol μ важен для перегруппировок тяжелых цепей, pol λ, по-видимому, более важен для перегруппировок легких цепей. ^[16]^[17] У дрожжей Saccharomyces cerevisiae есть единственный гомолог как pol λ, так и pol μ, называемый Pol4. ^[18]

Синтез трансформации представляет собой механизм устойчивости к повреждениям, в котором специализированные ДНК-полимеразы заменяют репликативные полимеразы при копировании повреждений ДНК во время репликации. ДНК-полимераза лямбда, по-видимому, участвует в транс-поврежденном синтезе абазических сайтов и повреждении 8-oxodG . ^[9]^[19]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что Pol λ взаимодействует с PCNA . ^[20]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000166169 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025218 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Entrez Gene: POLL-полимераза (направленная ДНК), лямбда" .
^ Aoufouchi S, Льстят Е, Даан А, файли А, Bertocci В, С Шторк, Дельбос Ж, Коча л, Гупта N, Вейл JC, Рейно СА (сентябрь 2000 г.). «Две новые ДНК-полимеразы человека и мыши семейства polX» . Nucleic Acids Res . 28 (18): 3684–93. DOI : 10.1093 / NAR / 28.18.3684 . PMC 110747 . PMID 10982892 .
^ Daley JM, Лан RL, Суреш A, Wilson TE (август 2005). «Совместная ДНК-зависимость действия полимеразы семейства pol X при негомологичном соединении концов» . J. Biol. Chem . 280 (32): 29030–7. DOI : 10.1074 / jbc.M505277200 . PMID 15964833 .
↑ Lee JW, Blanco L, Zhou T, Garcia-Diaz M, Bebenek K, Kunkel TA, Wang Z, Povirk LF (январь 2004 г.). «Влияние ДНК-полимеразы лямбда на выравнивание на основе заполнения пробелов для негомологичного соединения концов ДНК в ядерных экстрактах человека» . J. Biol. Chem . 279 (1): 805–11. DOI : 10.1074 / jbc.M307913200 . PMID 14561766 .
^ а б Бебенек К., Педерсен Л.К., Кункель Т.А. (2014). «Структурно-функциональные исследования ДНК-полимеразы λ» . Биохимия . 53 (17): 2781–92. DOI : 10.1021 / bi4017236 . PMC 4018081 . PMID 24716527 .
^ Гарсиа-Диас M, Bebenek K, Krahn JM, Blanco L, Kunkel TA, Педерсен LC (февраль 2004). «Структурное решение для ДНК-полимеразной лямбда-зависимой репарации разрывов ДНК с минимальной гомологией». Мол. Cell . 13 (4): 561–72. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (04) 00061-9 . PMID 14992725 .
^ Тано К, Накамур Дж, Asagoshi К, Аракава Н, Соноды Е, Брайтвайт Е.К., Прасад R, Buerstedde JM, Такед S, Ватанаб М, Уилсон SH (июнь 2007 г.). «Взаимодействие между ДНК-полимеразами бета и лямбда в репарации окислительных повреждений ДНК в куриных клетках DT40» . Ремонт ДНК (Amst.) . 6 (6): 869–75. DOI : 10.1016 / j.dnarep.2007.01.011 . PMC 2080795 . PMID 17363341 .
↑ Braithwaite EK, Prasad R, Shock DD, Hou EW, Beard WA, Wilson SH (май 2005 г.). «ДНК-полимераза лямбда опосредует активность репарации эксцизией резервных оснований в экстрактах эмбриональных фибробластов мыши» . J. Biol. Chem . 280 (18): 18469–75. DOI : 10.1074 / jbc.M411864200 . PMID 15749700 .
^ Гарсиа Диас M, Bebenek K, Kunkel TA, Blanco L (сентябрь 2001). «Идентификация внутренней активности 5'-дезоксирибозо-5-фосфатлиазы в человеческой ДНК-полимеразе лямбда: возможная роль в эксцизионной репарации оснований» . J. Biol. Chem . 276 (37): 34659–63. DOI : 10.1074 / jbc.M106336200 . PMID 11457865 .
↑ Yu X, Chini CC, He M, Mer G, Chen J (октябрь 2003 г.). «Домен BRCT представляет собой домен, связывающий фосфо-белок». Наука . 302 (5645): 639–42. DOI : 10.1126 / science.1088753 . PMID 14576433 . S2CID 29407635 .
^ Ник McElhinny SA, Рамсден DA (август 2004). «Соперничество братьев и сестер: конкуренция между членами семейства Pol X в рекомбинации V (D) J и общей репарации двухцепочечных разрывов». Иммунол. Ред . 200 : 156–64. DOI : 10.1111 / j.0105-2896.2004.00160.x . PMID 15242403 . S2CID 36516952 .
^ Bertocci В, Де Смет A, C Berek, Weill JC, Рейно CA (август 2003). «Перестройка гена каппа-легкой цепи иммуноглобулина нарушена у мышей, дефицитных по ДНК-полимеразе mu». Иммунитет . 19 (2): 203–11. DOI : 10.1016 / S1074-7613 (03) 00203-6 . PMID 12932354 .
^ Bertocci В, Де Смет A, Weill JC, Рейно CA (июль 2006). «Неперекрывающиеся функции ДНК-полимераз mu, лямбда и терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы во время рекомбинации иммуноглобулина V (D) J in vivo». Иммунитет . 25 (1): 31–41. DOI : 10.1016 / j.immuni.2006.04.013 . PMID 16860755 .
Перейти ↑ Lieber MR (июль 2006 г.). «Полимеразы для рекомбинации V (D) J». Иммунитет . 25 (1): 7–9. DOI : 10.1016 / j.immuni.2006.07.007 . PMID 16860749 .
^ Бурак МДж, Гужа К.Е., Hambardjieva Е, Derkunt В, Гарсиа-Диас М (2016). «Механизм верности в ДНК-полимеразе лямбда способствует безошибочному обходу 8-оксо-dG» . EMBO J . 35 (18): 2045–59. DOI : 10.15252 / embj.201694332 . PMC 5282837 . PMID 27481934 .
↑ Maga G, Villani G, Ramadan K, Shevelev I, Tanguy Le Gac N, Blanco L, Blanca G, Spadari S, Hübscher U (декабрь 2002 г.). «Человеческая ДНК-полимераза лямбда функционально и физически взаимодействует с ядерным антигеном пролиферирующих клеток при нормальном и трансфузионном синтезе ДНК» . J. Biol. Chem . 277 (50): 48434–40. DOI : 10.1074 / jbc.M206889200 . PMID 12368291 .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000166169 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025218 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] "Entrez Gene: POLL-полимераза (направленная ДНК), лямбда" .

[pmid10982892-6] Aoufouchi S, Льстят Е, Даан А, файли А, Bertocci В, С Шторк, Дельбос Ж, Коча л, Гупта N, Вейл JC, Рейно СА (сентябрь 2000 г.). «Две новые ДНК-полимеразы человека и мыши семейства polX» . Nucleic Acids Res . 28 (18): 3684–93. DOI : 10.1093 / NAR / 28.18.3684 . PMC 110747 . PMID 10982892 .

[pmid15964833-7] Daley JM, Лан RL, Суреш A, Wilson TE (август 2005). «Совместная ДНК-зависимость действия полимеразы семейства pol X при негомологичном соединении концов» . J. Biol. Chem . 280 (32): 29030–7. DOI : 10.1074 / jbc.M505277200 . PMID 15964833 .

[pmid14561766-8] Lee JW, Blanco L, Zhou T, Garcia-Diaz M, Bebenek K, Kunkel TA, Wang Z, Povirk LF (январь 2004 г.). «Влияние ДНК-полимеразы лямбда на выравнивание на основе заполнения пробелов для негомологичного соединения концов ДНК в ядерных экстрактах человека» . J. Biol. Chem . 279 (1): 805–11. DOI : 10.1074 / jbc.M307913200 . PMID 14561766 .

[pmid24716527-9] а б Бебенек К., Педерсен Л.К., Кункель Т.А. (2014). «Структурно-функциональные исследования ДНК-полимеразы λ» . Биохимия . 53 (17): 2781–92. DOI : 10.1021 / bi4017236 . PMC 4018081 . PMID 24716527 .

[pmid14992725-10] Гарсиа-Диас M, Bebenek K, Krahn JM, Blanco L, Kunkel TA, Педерсен LC (февраль 2004). «Структурное решение для ДНК-полимеразной лямбда-зависимой репарации разрывов ДНК с минимальной гомологией». Мол. Cell . 13 (4): 561–72. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (04) 00061-9 . PMID 14992725 .

[pmid17363341-11] Тано К, Накамур Дж, Asagoshi К, Аракава Н, Соноды Е, Брайтвайт Е.К., Прасад R, Buerstedde JM, Такед S, Ватанаб М, Уилсон SH (июнь 2007 г.). «Взаимодействие между ДНК-полимеразами бета и лямбда в репарации окислительных повреждений ДНК в куриных клетках DT40» . Ремонт ДНК (Amst.) . 6 (6): 869–75. DOI : 10.1016 / j.dnarep.2007.01.011 . PMC 2080795 . PMID 17363341 .

[pmid15749700-12] Braithwaite EK, Prasad R, Shock DD, Hou EW, Beard WA, Wilson SH (май 2005 г.). «ДНК-полимераза лямбда опосредует активность репарации эксцизией резервных оснований в экстрактах эмбриональных фибробластов мыши» . J. Biol. Chem . 280 (18): 18469–75. DOI : 10.1074 / jbc.M411864200 . PMID 15749700 .

[pmid11457865-13] Гарсиа Диас M, Bebenek K, Kunkel TA, Blanco L (сентябрь 2001). «Идентификация внутренней активности 5'-дезоксирибозо-5-фосфатлиазы в человеческой ДНК-полимеразе лямбда: возможная роль в эксцизионной репарации оснований» . J. Biol. Chem . 276 (37): 34659–63. DOI : 10.1074 / jbc.M106336200 . PMID 11457865 .

[pmid14576433-14] Yu X, Chini CC, He M, Mer G, Chen J (октябрь 2003 г.). «Домен BRCT представляет собой домен, связывающий фосфо-белок». Наука . 302 (5645): 639–42. DOI : 10.1126 / science.1088753 . PMID 14576433 . S2CID 29407635 .

[pmid15242403-15] Ник McElhinny SA, Рамсден DA (август 2004). «Соперничество братьев и сестер: конкуренция между членами семейства Pol X в рекомбинации V (D) J и общей репарации двухцепочечных разрывов». Иммунол. Ред . 200 : 156–64. DOI : 10.1111 / j.0105-2896.2004.00160.x . PMID 15242403 . S2CID 36516952 .

[pmid12932354-16] Bertocci В, Де Смет A, C Berek, Weill JC, Рейно CA (август 2003). «Перестройка гена каппа-легкой цепи иммуноглобулина нарушена у мышей, дефицитных по ДНК-полимеразе mu». Иммунитет . 19 (2): 203–11. DOI : 10.1016 / S1074-7613 (03) 00203-6 . PMID 12932354 .

[pmid16860755-17] Bertocci В, Де Смет A, Weill JC, Рейно CA (июль 2006). «Неперекрывающиеся функции ДНК-полимераз mu, лямбда и терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы во время рекомбинации иммуноглобулина V (D) J in vivo». Иммунитет . 25 (1): 31–41. DOI : 10.1016 / j.immuni.2006.04.013 . PMID 16860755 .

[pmid16860749-18] Перейти ↑ Lieber MR (июль 2006 г.). «Полимеразы для рекомбинации V (D) J». Иммунитет . 25 (1): 7–9. DOI : 10.1016 / j.immuni.2006.07.007 . PMID 16860749 .

[pmid27481934-19] Бурак МДж, Гужа К.Е., Hambardjieva Е, Derkunt В, Гарсиа-Диас М (2016). «Механизм верности в ДНК-полимеразе лямбда способствует безошибочному обходу 8-оксо-dG» . EMBO J . 35 (18): 2045–59. DOI : 10.15252 / embj.201694332 . PMC 5282837 . PMID 27481934 .

[pmid12368291-20] Maga G, Villani G, Ramadan K, Shevelev I, Tanguy Le Gac N, Blanco L, Blanca G, Spadari S, Hübscher U (декабрь 2002 г.). «Человеческая ДНК-полимераза лямбда функционально и физически взаимодействует с ядерным антигеном пролиферирующих клеток при нормальном и трансфузионном синтезе ДНК» . J. Biol. Chem . 277 (50): 48434–40. DOI : 10.1074 / jbc.M206889200 . PMID 12368291 .