Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Диагностическая микробиология - это исследование микробной идентификации. С момента открытия микробной теории болезней ученые находили способы сбора определенных организмов. Используя такие методы, как дифференциальные среды или секвенирование генома , врачи и ученые могут наблюдать новые функции организмов для более эффективной и точной диагностики организмов. Методы, используемые в диагностической микробиологии, часто используются для того, чтобы воспользоваться преимуществами конкретных различий в организмах и получить информацию о том, к каким видам они могут быть отнесены, что часто делается через ссылки на предыдущие исследования. Новые исследования предоставляют информацию, на которую другие могут ссылаться, чтобы ученые могли получить базовое представление об изучаемом ими организме.

Аэробика против анаэробной [ править ]

Анаэробным организмам требуется бескислородная среда. При культивировании анаэробных микробов бульоны часто промывают газообразным азотом, чтобы погасить присутствие кислорода, и рост может также происходить на средах в камере без кислорода. [1] Резазурин натрия может быть добавлен для определения окислительно-восстановительного потенциала. [2] Перед исследованием роста культуры необходимо инкубировать в бескислородной среде в течение 48 часов при 35 ° C. [3]

Ящик Газ-Пак

Сбор анаэробных бактерий может происходить из различных источников в образцах пациентов, включая кровь, желчь, костный мозг, спинномозговую жидкость , прямой аспират легких, биопсию ткани из обычно стерильного участка, жидкость из обычно стерильного участка (например, сустава), стоматологические , абсцесс, абсцесс брюшной полости или таза, ножевое, огнестрельное или хирургическое ранение или тяжелый ожог. [4]

Продолжительность инкубации [ править ]

Время инкубации зависит от микроба, который требует культивирования. Например, традиционные методы культивирования требуют менее 24 часов для культивирования Escherichia coli, но для успешного культивирования Mycobacterium tuberculosis требуется 6–8 недель, прежде чем будут получены окончательные результаты. [5] Преимуществом некультуральных тестов является то, что врачей и микробиологов не мешают периоды ожидания.

Инкубация следует переменной кривой роста для каждого микроорганизма. Культуры следуют за лагом, логарифмической, стационарной и, наконец, фазой смерти. [6] лаг - фаза не очень хорошо известна в области микробиологии, но он предположил , что эта фаза состоит из микроорганизма регулировочного к окружающей среде путем синтеза белков , специфичные для окружающей среды обитания. [6] логарифмическая фаза является периодом , когда культура испытывает логарифмический рост до питательных вещества не истощаются. Стационарная фаза - это максимальная концентрация культуры и прекращение размножения клеток. Когда питательные вещества в окружающей среде истощаются, организмы вступают в фазу смерти, когда токсичные метаболитыстановятся изобильными, а питательные вещества истощаются до такой степени, что гибель клеток превышает воспроизводство. [5]

Быстрая идентификация после посева [ править ]

Автоматизированные системы культивирования [ править ]

Системы автоматического культивирования клеток становятся популярными из-за их способности поддерживать стерильную среду для роста и снимать нагрузку с лабораторного персонала, связанную с повторяющимися экспериментами. [7] Лаборатории также могут устанавливать время инкубации для корректировки периода задержки, связанного с ростом бактерий.

Посев крови [ править ]

Посев крови может позволить получить диагностические результаты после посева. Недавние разработки ПЦР- диагностики на основе ДНК обеспечили более быстрые диагностические результаты по сравнению с ночными биохимическими тестами. Диагностический тест ДНК может диагностировать с почти такой же специфичностью, что и биохимический тест, что приводит к тому же диагностическому результату в 90% случаев. [8]

Дыхательные тесты [ править ]

Дыхательный тест для микробной диагностики у пациентов использовался в клинических условиях для выявления бактерий, включая Helicobacter pylori . [9] Диагностический тест с использованием дыхания пациентов ищет выделенные метаболиты, которые были произведены инфекционным микроорганизмом. H. pylori тестируется путем тестирования пациентов на концентрацию CO 2 , повышенную из-за способности организма преобразовывать мочевину в другие производные. [10]

Обычные тесты [ править ]

Обнаружение антител [ править ]

Преимущество обнаружения антител ( ELISA ) заключается в том, что идентификация белка на микроорганизме выполняется быстрее, чем при вестерн-блоттинге . Обнаружение антител работает путем прикрепления индикатора к антителу с известной специфичностью и наблюдения за прикреплением антитела. [11] ELISA , также может указывать на присутствие вируса и высоко специфичен, имеющий специфичность обнаружения 10 -9 -10 -12 моль на литр обнаружения. Зная последовательность эпитопа антитела, ELISA также можно использовать для обнаружения антигена в образце. [12]

Гистологическое обнаружение и культура [ править ]

Гистологические методы, используемые в микробиологии, полезны из-за их способности быстро идентифицировать заболевание, присутствующее при биопсии ткани .

Экспресс-тесты на антигены [ править ]

Иммунофлуоресценция [ править ]

Иммунофлуоресценция

Иммунофлуоресценция осуществляется путем производства анти-антител с присоединенной флуоресцентной молекулой, что делает ее хемилюминесцентной молекулой, которая обеспечивает свечение при воздействии ультрафиолетового света. [13] Антитела добавляются к бактериальному раствору, обеспечивая антиген для связывания флуоресцентных анти-антител.

Иммунофлуоресценция

Масс-спектрометрия [ править ]

MALDI-TOF ( матричная лазерная десорбция / ионизация - время пролета) - это особый тип масс-спектрометрии , способный идентифицировать микроорганизмы. Чистую культуру выделяют и наносят непосредственно на мишень из нержавеющей стали или одноразовую мишень. Клетки лизируются и покрываются матрицей, которая образует белковые комплексы с бактериальными белками. MALDI запускает лазер и ионизирует белковые комплексы, которые отламываются и перемещаются вверх в вакууме, где они обнаруживаются на основе массы и заряда. Полученные белковые спектры сравниваются с известной базой данных ранее каталогизированных организмов, что приводит к быстрой диагностике микроорганизмов. [14]Недавние исследования показали, что эти тесты могут стать достаточно специфичными, чтобы диагностировать вплоть до подвидового уровня, наблюдая за новыми биомаркерами . [14]

Для метода идентификации MALDI-TOF требуются чистые культуры, возраст которых менее 72 часов. Это переводит организм в логарифмическую фазу с обилием рибосомных белков, которые являются наиболее распространенными белками, обнаруживаемыми в спектрах. На идентификацию с помощью этой технологии также может повлиять воздействие низких температур на культуру, так как это изменит типичное распределение белка.

Системы идентификации микробов на основе биохимического профиля [ править ]

Фенотипические тесты используются для идентификации микробов на основе метаболических и биохимических путей, присутствующих в этих микробах. [15] Доступно множество автоматизированных и полуавтоматических коммерческих систем. Эти методы могут быть очень информативными, но не такими точными, как MALDI-TOF или генотипические методы.

6,5% солевой бульон [ править ]

Тест на 6,5% солевой бульон используется для анализа уровня переносимости различных бактерий в галофильных условиях. Этот тест используется, потому что большинство организмов не могут выжить в высоких концентрациях соли, в то время как стафилококки , энтерококки и аэрококки должны переносить концентрации 6,5% NaCl. [16]

Использование ацетата [ править ]

Тест утилизации ацетата используется в первую очередь для дифференциации Escherichia coli от представителей рода Shigella . Многие штаммы Escherichia coli обладают способностью использовать ацетат в качестве единственного источника углерода и энергии, в то время как Shigella - нет. Поскольку использование ацетата приводит к увеличению pH, добавляется индикатор, который меняет цвет в условиях использования ацетата.

ALA [ править ]

Тест ALA ( дельта-аминолевулиновая кислота ) используется для проверки наличия порфириновых и цитохромных соединений. Обнаружение синтеза гемина указывает на то, что организм, вероятно, является Haemophilus . [17]

Аминопептидаза [ править ]

Тест аминопептидазы анализирует бактерии на производство фермента L-аланин-аминопептидазы, фермента, обнаруженного во многих грамотрицательных бактериях . Добавление гидрохлорида L-аланин-4-нитроанилида к бактериальной культуре работает как индикатор, меняя цвет на желтый в присутствии L-аланин-аминопептидазы. [18]

Указатель аналитического профиля [ править ]

Аналитический индекс профиля является быстрой системой идентификации на основе биохимических тестов инкубации. Обычно этот тест используется для быстрой диагностики клинически значимых бактерий, позволяя врачам проводить около 20 тестов одновременно. [19]

Диски с антибиотиками [ править ]

Бактерии, чувствительные к антибиотикам

Диски с антибиотиками используются для проверки способности антибиотика подавлять рост микроорганизмов. Этот метод, который обычно используется с агаром Мюллера-Хинтона , заключается в равномерном высеве бактерий на чашку Петри и нанесении обработанного антибиотиком диска на верхнюю часть агара. Наблюдая за кольцом, образовавшимся вокруг диска, образованного из-за отсутствия роста бактерий, можно найти зону подавления , которая используется для определения чувствительности организма к антибиотику. [19]

Желчный эскулиновый агар [ править ]

Тест желчи с эскулином используется для дифференциации представителей рода Enterococcus от Streptococcus . [ необходима цитата ]

Растворимость в желчи [ править ]

Растворимость в желчи используется для тестирования Streptococcus Pneumoniae из-за их уникальной способности лизироваться дезоксихолатом натрия . Лизис указывает на S. Pneumoniae, а отсутствие лизиса - нет. [20]


ЛАГЕРЬ [ править ]

Тест CAMP используется для различения между стрептококки группы в и других видов бета-гемолитические стрептококки. В этом биохимическом тесте используется тот факт, что Streptococcus agalactiae выделяет вещество CAMP, что делает его немного более гемолитическим, что можно наблюдать на средах с кровяным агаром. [21]

Каталаза [ править ]

Тест на каталазу проверяет, вырабатывает ли микроб фермент каталазу, который катализирует распад перекиси водорода. Нанесение образца колонии на предметное стекло и добавление раствора перекиси водорода (3% H2O2) покажет, присутствует ли фермент или нет. Пузырьки - это положительный тест, в то время как ничего не происходит - отрицательный результат. [22]

Цетримидный агар [ править ]

Скошенный цетримидный агар представляет собой селективный агар, используемый для выделения синегнойной палочки .

CLO тесты [ править ]

Тест CLO используется для диагностики H. pylori в биоптатах пациента. Образец биопсии помещается в среду, содержащую мочевину , которую H. Pylori может использовать в некоторых своих биохимических путях. Расход мочевины свидетельствует о положительном результате теста. [23]

Коагулаза [ править ]

Тест на коагулазу определяет, может ли организм вырабатывать фермент коагулазу, вызывающий свертывание фибрина . Посев микроба в пробирку с плазмой показывает, вырабатывается ли коагулаза. Сгусток указывает на присутствие коагулазы, а отсутствие сгустка указывает на отсутствие коагулазы. [24]

Гидролиз ДНК [ править ]

ДНКазный агар используется для проверки того, может ли микроб продуцировать экзофермент дезоксирибонуклеазу (ДНКазу), который гидролизует ДНК. Метиловый зеленый используется в качестве индикатора в среде для выращивания, потому что это катион, который обеспечивает непрозрачность среды при наличии отрицательно заряженных цепей ДНК. Когда ДНК расщепляется, среда становится прозрачной, что свидетельствует о наличии активности ДНКазы. Гидролиз ДНК тестируется путем выращивания организма на чашке с агаром для тестирования ДНКазы (обеспечивающей питательные вещества и ДНК), а затем проверки чашки на гидролиз. Пластина с агаром содержит комплекс ДНК-метил-зеленый, и если организм на агаре действительно гидролизует ДНК, зеленый цвет исчезает, и колония окружается бесцветной зоной. [25]

Желатин [ править ]

Тест желатина используются для анализа , может ли микроб гидролизует желатин с ферментом желатиназой . Желатин делает агар твердым, поэтому, если организм может производить желатиназу и потреблять желатин в качестве источника энергии и углерода, агар станет жидким во время роста. [26]

Гоночек II [ править ]

Тест Gonochek II, коммерческий биохимический тест, используется для дифференциации Neisseria lactamica , Neisseria meningitidis , N. gonorrhoeae и Moraxella catarrhalis. Принцип, лежащий в основе этого теста, заключается в использовании ферментов, естественных для организма, для создания окрашенного продукта в присутствии посторонних молекул. В тесте используется химический [[5-бром-4-хлор-3-индолил-бета-D-галактозид », потому что N. lactamica может гидролизовать его с образованием β- галактозидазы , превращая раствор в синий цвет. Гамма-глутамил-п-нитроанилид добавляют к раствору, чтобы указать, являются ли бактерии N. meningitides,который гидролизует молекулу ферментом гамма-глутамиламинопептидазой с образованием желтого конечного продукта. Пролил-4-метоксинафтиламид находится в растворе для идентификации N. gonorrhoeae из-за его способности гидролизовать молекулу ферментом гидроксипролиламинопептидазой, создавая красно-розовое производное. M. catarrhalis не содержит ни одного из этих ферментов, что делает раствор бесцветным. В общей сложности процесс идентификации занимает около 30 минут. [27]

Гиппурат [ править ]

Диагностический тест Hippurate используется для дифференциации Gardnerella vaginalis , Campylobacter jejuni , Listeria monocytogenes и стрептококков группы B с использованием химического вещества Hippurate. Путь гидролиза гиппурата, в котором организмы могут работать с необходимыми ферментами, производит глицин в качестве побочного продукта. Использование индикатора нингидрин , который меняет цвет в присутствии глицина, покажет либо бесцветный продукт, либо отрицательный результат, либо темно-синий цвет, либо положительный результат. [28]

Индол-бутиратный диск [ править ]

Индол бутират диск используется для различения между гонококков (отрицательный результат) и моракселла катаралис (положительный результат). В этом тесте используется бутиратный диск, который при смазывании культурой меняет цвет, что приводит к положительному результату после 5 минут инкубации. Синий цвет - результат положительного теста. [29]

Наклон лизинового железного агара [ править ]

Лизина железосодержащего агара скошенном теста используются , чтобы сообщить , может ли организм декарбоксилирования лизина и / или производить сероводород .

Лисостафин [ править ]

Тест на лизостафин используется для различения бактерий стафилококка и микрококка . Лизостафин может лизировать стафилококк, но бактерии Micrococcus устойчивы к этому химическому веществу. [30]

Метиловый красный тест [ править ]

Изменение цвета раствора метилового красного при различных кислотно-основных условиях

Тест с метиловым красным используется для анализа того, вырабатывает ли бактерия кислоты в результате ферментации сахара. [ необходима цитата ]

Microdase [ править ]

Микродаза - это модифицированный оксидазный тест, используемый для дифференциации микрококков от стафилококков путем тестирования на наличие цитохрома с . Положительный результат дает темный цвет вокруг модификатора, тогда как отрицательный результат не приводит к изменению цвета. [31]

Нитритный тест [ править ]

Тест нитритов обычно используется для диагностики инфекций мочевых путей путем измерения концентрации нитрита в растворе, что указывает на наличие грамотрицательной организма. Простой нитритный тест можно выполнить, добавив к образцу 4 М серной кислоты до тех пор, пока он не станет кислым, а затем к раствору добавят 0,1 М сульфата железа (II). Положительный тест на нитрит обозначается темно-коричневым раствором, образованным комплексным ионом оксида железа и железа. [ необходима цитата ]

Оксидаза [ править ]

Тест на оксидазу показывает, является ли микроб аэробным. Используя химическое вещество N, N, N, N-тетраметил-1,4-фенилендиамин , акцептор электронов, который меняет цвет при окислении цитохром с оксидазой , можно сделать вывод, может ли микроб выполнять аэробное дыхание. Изменение цвета на пурпурный указывает на окислительное дыхание, в то время как изменение цвета свидетельствует о том, что в организме отсутствует цитохром с оксидаза. [22]

Фенилаланиндезаминаза [ править ]

Тест на фенилаланиндезаминазу используется, чтобы определить, может ли организм вырабатывать фермент дезаминазу. Дезаминаза - это фермент, который может дезаминировать фенилаланин аминокислоты в продукты аммиак и фенилпировиноградную кислоту . Тест выполняется путем добавления фенилаланина в питательную среду и обеспечения роста. После инкубации к раствору добавляют 10% хлорид железа , который реагирует с фенилпировиноградной кислотой в растворе и приобретает темно-зеленый цвет, что приводит к положительному результату теста. [32]

PYR [ править ]

Тест PYR используется для проверки наличия в организме ферментов, гидролизующих L-пирролидонил-β-нафтиламид. Положительный результат указывает на то, что организм либо группа А стрептококка и / или группа D энтерококк . [33]

Обратный лагерь [ править ]

Тест обратного CAMP использует синергетические гемолитические способности фактора CAMP производимого стрептококки группы в с альфа-токсина , вырабатываемого Clostridium перфрингенс . Размещение этих двух организмов перпендикулярно друг другу на чашке с кровяным агаром приведет к очистке кровяного агара «галстук-бабочка» за счет гемолитических способностей токсинов двух организмов. Для инкубации требуется 24 часа при 37 ° C. [34]

Цитратный агар Симмонса [ править ]

Цитратный агар Симмонса используется для проверки того, может ли организм использовать цитрат в качестве единственного источника углерода. [ необходима цитата ]

Пятно индол [ править ]

TSI Agar

Точечный тест на индол используется для определения того, может ли микроб дезаминировать триптофан с образованием индола . Этот тест выполняется путем пропитывания листа фильтровальной бумаги реагентом Индола Ковача и соскабливания части микроба с бумаги. Переход к розово-красному цвету указывает на положительный результат, а отсутствие изменения цвета указывает на отсутствие триптофаназы . [35]

Среда подвижности сульфида индола [ править ]

Среда для определения подвижности сульфидных индолов представляет собой трехкомпонентный тест на способность организма восстанавливать сульфаты, продуцировать индолы и подвижность. [ необходима цитата ]

Наклон TSI [ править ]

Тест тройного сахара на железо (TSI) - это дифференциальная среда, используемая для определения того, может ли организм ферментировать глюкозу, сахарозу и / или лактозу и может ли организм производить газообразный сероводород. [36]

Наклон агара с мочевиной [ править ]

Raoultella planticola на мочевинном агаре

Наклонный уреазный агар используется для измерения способности организма производить уреазу , фермент, способный переваривать мочевину в углекислом газе и аммиаке путем гидролиза. Поскольку аммиак является щелочным, среда содержит феноловый красный - индикатор, цвет которого меняется с оранжевого на розовый при повышении pH выше 8,1. Когда концентрация аммиака увеличивается до достаточно высокой, среда приобретает розовый цвет, что указывает на образование уреазы. [37]

Тест Фогеса – Проскауэра [ править ]

Тест Фогеса-Проскауэра определяет, продуцирует ли бактерия продукт ацетоин в результате переваривания глюкозы. [38]

Идентификация на основе клеточных жирных кислот [ править ]

Анализ миколиновой кислоты [ править ]

Анализ миколиновой кислоты является развивающейся областью исследования газожидкостной хроматографии , поскольку он предлагает решение для снижения скорости роста микобактерий . Миколиновая кислота - это жирная кислота, обнаруживаемая при заболевании туберкулезом , которое является химической мишенью для поиска диагностов. [39]

Методы экстракции нуклеиновых кислот [ править ]

Центрифугирование в градиенте плотности хлорида цезия / бромида этидия [ править ]

Настольная центрифуга

При высокоскоростном ультрацентрифугировании с плавучей плотностью градиент плотности создается хлоридом цезия в воде. ДНК будет иметь плотность, которая отражает ее собственную, а затем добавляется бромид этидия, чтобы улучшить визуальные эффекты, обеспечиваемые полосой нуклеиновой кислоты. [40]

Метод магнитных шариков [ править ]

Были разработаны новые методы экстракции с использованием магнитных шариков для очистки нуклеиновых кислот за счет использования преимущества заряженной и полимерной природы длинной цепи ДНК. Оба шарика не имеют покрытия для увеличения поверхности и выхода, в то время как другие шарики более селективны, поскольку покрыты функциональными группами, которые взаимодействуют с полимерами, присутствующими в микробах. [41] Одним из распространенных методов является использование полиэтиленгликоля для связывания ДНК с магнитными шариками. Молекулярная масса и концентрация ПЭГ будут определять, с какой молекулярной массой связывается ДНК.

Фенол-хлороформная экстракция [ править ]

Фенол-хлороформная экстракция - это жидкостно-жидкостной метод, используемый биохимиками для отделения нуклеиновых кислот от белков и липидов после лизирования клеток. [42] [ необходима цитата ] Этот метод не пользуется популярностью среди ученых и микробиологов, поскольку существуют более простые методы, для которых требуются менее опасные химические вещества.

Твердофазная экстракция [ править ]

Твердофазная экстракция, которая отделяет длинные полимеры, такие как ДНК, от других веществ, содержащихся в клетках. Это похоже на магнитные шарики, где твердая фаза закреплена и избирательно связывает клеточный компонент, позволяя его изолировать.

Методы с электрофоретическими выходами [ править ]

Гель-электрофорез - это метод разделения макромолекул с использованием заряда многих молекул, содержащихся в нуклеиновых кислотах и ​​белках. Это также ключевой метод секвенирования по Сэнгеру. Флуоресцентно меченные фрагменты ДНК проходят через полимер и разделяются с точностью до одной базовой точки. Лазер возбуждает флуоресцентную метку и фиксируется камерой. В результате получается электрофореграмма, считывающая последовательность ДНК.

На основе ферментов рестрикции [ править ]

Оптическое отображение [ править ]

Оптическое картирование - это метод, использующий несколько рестрикционных ферментов для создания геномного «штрих-кода», на который можно ссылаться для диагностики неизвестного микроба.

Гель-электрофорез в импульсном поле [ править ]

Гель-электрофорез в импульсном поле - это метод, используемый для разделения больших ДНК в электрическом поле, которое периодически меняет направление. Разрезая сегменты ДНК рестрикционными ферментами , можно использовать импульсное поле для разделения сегментов ДНК.

Рестрикционные ферменты, затем гель-электрофорез [ править ]

Ферменты рестрикции сначала используются для распознавания, а затем для разрезания конкретных последовательностей нуклеиновых кислот. Эти отрезанные кусочки ДНК можно подвергнуть гель-электрофорезу, чтобы сделать возможной диагностику организма, ссылаясь на предыдущие результаты гель-электрофореза.

Риботипирование [ править ]

Риботипирование - это быстрый автоматизированный метод микробной диагностики, тестирования рРНК в бактериях с использованием ферментативного расщепления и технологии Саузерн-блоттинга. [43]

На основе ПЦР [ править ]

Анализ VNTR множественных локусов [ править ]

Множественный VNTR-анализ - это тест, используемый для обнаружения тандемных повторов с переменным числом , которые действуют как отпечатки пальцев ДНК в микробной диагностике. [44]

Методы, основанные на последовательности ДНК [ править ]

Мультилокусная последовательность [ править ]

Мультилокусное типирование последовательностей (MLST) - это секвенирование множества локусов для диагностики организма путем сравнения последовательностей ДНК с базой данных известных организмов. [45] [46] Этот метод часто используется для сравнения изолятов или штаммов одного и того же вида, чтобы увидеть, неотличимы ли они друг от друга или отличаются друг от друга. Это обычное дело для отслеживания болезней пищевого происхождения и вспышек заболеваний в области общественного здравоохранения. Большинство тестов MLST публикуются в научных журналах, поэтому во всем мире используются согласованные методы. Также доступны общедоступные базы данных для отслеживания и сравнения.

Типирование последовательности с одним локусом [ править ]

Одно-локус последовательность ввод (SLST) является секвенирование одного локуса организма для получения данных , которые могут быть использованы для сравнения напряжения на уровне между изолят тем же видом Феса. [47]

Генотипическая идентификация [ править ]

Для идентификации бактерий микробиологи секвенируют ген 16S рРНК, а для идентификации грибов секвенируют ITS-области. Обе области являются частью рибосомного оперона, поэтому они хорошо законсервированы, но обеспечивают достаточно вариаций, чтобы позволить видообразование. Для точной идентификации требуются высококачественные данные о последовательностях, надежный анализ данных и обширная микробная база данных известных организмов. Также полезно использовать дерево соединения соседей или какой-либо другой филогенетический подход для идентификации.

Секвенирование всего генома (WGS) [ править ]

Приложения для секвенирования всего генома и геномики можно использовать для крупномасштабного сопоставления и сравнительного анализа как с бактериями, так и с грибами. WGS можно использовать для диагностики, идентификации или характеристики организма вплоть до отдельных пар оснований путем секвенирования всего генома. [48] WGS также можно использовать для сравнения геномов или средней нуклеотидной идентичности (ANI) общих генов двух штаммов и может быть надежным способом сравнения генетического родства и, если часто используется для исследования организмов, участвующих в болезнях пищевого происхождения и других вспышках. .

Ссылки [ править ]

  1. ^ Stieglmeier, Michaela; Вирт, Рейнхард; Кминек, Герхард; Мойсль-Эйхингер, Кристина (01.06.2009). «Выращивание анаэробных и факультативно анаэробных бактерий из чистых комнат, связанных с космическими аппаратами» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (11): 3484–3491. DOI : 10,1128 / AEM.02565-08 . ISSN  0099-2240 . PMC  2687301 . PMID  19363082 .
  2. ^ Pubchem. «Натриевая соль резазурина | C12H6NNaO4 - PubChem» . pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 апреля 2017 .
  3. ^ «Культура анаэробных бактерий - процедура, кровь, осложнения, время, инфекция, типы, дети, определение» . www.surgeryencyclopedia.com . Проверено 3 апреля 2017 .
  4. ^ Pfyffer, Габи Е .; Виттвер, Франциска (3 апреля 2017 г.). «Время инкубации микобактериальных культур: сколько времени достаточно для выдачи окончательного отрицательного отчета врачу?» . Журнал клинической микробиологии . 50 (12): 4188–4189. DOI : 10.1128 / JCM.02283-12 . ISSN 0095-1137 . PMC 3502948 . PMID 23052304 .   
  5. ^ a b «Среда для роста бактерий» . EXPTEC .
  6. ^ a b Рольф, Мэтью Д.; Райс, Кристофер Дж .; Луккини, Саша; Пин, Кармен; Томпсон, Артур; Кэмерон, Эндрю Д.С. Олстон, Марк; Стрингер, Майкл Ф .; Беттс, Рой П. (2017-04-03). «Фаза задержки - это отчетливая фаза роста, которая подготавливает бактерии к экспоненциальному росту и включает временное накопление металлов» . Журнал бактериологии . 194 (3): 686–701. DOI : 10.1128 / JB.06112-11 . ISSN 0021-9193 . PMC 3264077 . PMID 22139505 .   
  7. ^ Кемпнер, Мария Э .; Фелдер, Робин А. (2002-04-01). «Обзор автоматизации клеточных культур» . Журнал Ассоциации автоматизации лабораторий . 7 (2): 56–62. DOI : 10.1016 / S1535-5535-04-00183-2 . ISSN 1535-5535 . 
  8. ^ Gaibani, Паоло (2009). «Системы посева крови: быстрое обнаружение - как и почему?». Международный журнал противомикробных агентов . 34 : S13 – S15. DOI : 10.1016 / S0924-8579 (09) 70559-X . PMID 19931809 . 
  9. ^ «Тест H. Pylori с использованием диагностического дыхательного теста» . Клиника Кливленда . Проверено 3 апреля 2017 .
  10. ^ «Тесты на H. pylori: Медицинская энциклопедия MedlinePlus» . medlineplus.gov . Проверено 3 апреля 2017 .
  11. ^ «Обнаружение антигенов или антител с помощью ELISA» . www.virology.ws . Проверено 3 апреля 2017 .
  12. ^ Грандиен, М. (1996-05-01). «Вирусная диагностика методами обнаружения антигенов». Клиническая и диагностическая вирусология . 5 (2–3): 81–90. DOI : 10.1016 / 0928-0197 (96) 00209-7 . ISSN 0928-0197 . PMID 15566866 .  
  13. ^ «Непрямая иммунофлуоресценция: простой и современный метод» . EUROIMMUN США, Inc . Проверено 3 апреля 2017 .
  14. ^ а б Красны, Лукаш; Хайнек, Радован; Хохель, Игорь (01.11.2013). «Идентификация бактерий с использованием методов масс-спектрометрии». Международный журнал масс-спектрометрии . 353 : 67–79. Bibcode : 2013IJMSp.353 ... 67K . DOI : 10.1016 / j.ijms.2013.04.016 .
  15. ^ «Важность биохимических тестов бактерий» . YourArticleLibrary.com: библиотека нового поколения . 2014-02-18 . Проверено 3 апреля 2017 .
  16. ^ «Добро пожаловать в Microbugz - тест на толерантность к соли 6,5%» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 .
  17. ^ "Диски дифференциации ALA для идентификации Haemphilus spp" . catalog.hardydiagnostics.com . Проверено 3 апреля 2017 .
  18. ^ Эрнандес Молина, JM; Мартинес, А .; Парра, MC; Ортега, штат Мичиган (1991-12-01). «[Использование теста L-аланин-аминопептидазы для дифференциации структуры клеточной стенки бактерий]». Enfermedades Infecciosas y Microbiologia Clinica . 9 (10): 637–639. ISSN 0213-005X . PMID 1726575 .  
  19. ^ a b «Примеры методов тестирования чувствительности к антибиотикам - Учебный сайт по устойчивости к противомикробным препаратам для студентов-ветеринаров» . amrls.cvm.msu.edu . Проверено 3 апреля 2017 .
  20. Перейти ↑ Tang, Yi-Wei (2013). Передовые методы диагностической микробиологии . Отделение лабораторной медицины Мемориального онкологического центра Слоуна-Кеттеринга Нью-Йорк, Нью-Йорк, США: Springer. п. 90. ISBN 978-1-4614-3969-1.
  21. ^ «Тест ЛАГЕРЯ» . iws2.collin.edu . Архивировано из оригинала на 2017-05-04 . Проверено 3 апреля 2017 .
  22. ^ a b «Тест на каталазу и оксидазу» (PDF) . Остин СС .
  23. ^ «Тест CLO: причины, процедура и результаты» . www.medicalhealthtests.com . Проверено 3 апреля 2017 .
  24. ^ «Добро пожаловать в Microbugz - Тест на коагулазу» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 .
  25. ^ «Добро пожаловать в Microbugz - DNase Test» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 .
  26. ^ «Тест гидролиза желатина» . www.vumicro.com . Проверено 3 апреля 2017 .
  27. ^ «Тест ферментного субстрата - Гонорея - Информация о ЗППП от CDC» . www.cdc.gov . Проверено 3 апреля 2017 .
  28. ^ «Тест на гиппурат для выявления Gardnerella vaginalis, кампилобактерии, листерий, стрептококка группы b» . catalog.hardydiagnostics.com . Проверено 3 апреля 2017 .
  29. ^ «Тест бутиратного диска: принцип, процедура, результаты и использование - microbeonline» . микробеонлайн . 2015-05-25 . Проверено 3 апреля 2017 .
  30. ^ Гири, C; Стивенс, М. (1986-06-01). «Экспресс-тест на лизостафин для дифференциации стафилококков и микрококков» . Журнал клинической микробиологии . 23 (6): 1044–1045. DOI : 10.1128 / JCM.23.6.1044-1045.1986 . ISSN 0095-1137 . PMC 268789 . PMID 3519667 .   
  31. ^ «Модифицированный тест на оксидазу (Microdase): принцип, процедура и использование - microbeonline» . микробеонлайн . 2015-10-30 . Проверено 3 апреля 2017 .
  32. ^ «Добро пожаловать в Microbugz - тест фенилаланиндезаминазы» . www.austincc.edu . Проверено 3 апреля 2017 .
  33. ^ "Определения ClinicMicro" . www.antimicrobe.org . Проверено 3 апреля 2017 .
  34. ^ «Обратный тест CAMP для идентификации Clostridium perfringens» . Заметки микробиологии . 2015-09-24 . Проверено 3 апреля 2017 .
  35. ^ "INDOLE TEST | Руководства студенческого центра здоровья" . shs-manual.ucsc.edu . Проверено 3 апреля 2017 .
  36. ^ Томпсон, Райан; Перри, Джон Д .; Стэнфорт, Стивен П .; Дин, Джон Р. (1 июля 2018 г.). «Быстрое обнаружение сероводорода, продуцируемого патогенными бактериями, в средах для сфокусированного роста с использованием SHS-MCC-GC-IMS». Микрохимический журнал . 140 : 232–240. DOI : 10.1016 / j.microc.2018.04.026 .
  37. ^ «Принцип испытания уреазы, среда, процедура и результат» . Онлайн-микробиологические заметки . 2015-09-20 . Проверено 3 апреля 2017 .
  38. ^ MacFaddin, JF 1980. Биохимические тесты для идентификации медицинских бактерий, 2-е изд. Уильямс и Уилкинс, Балтимор
  39. ^ Welch, DF (1991-10-01). «Применение клеточного анализа жирных кислот» . Обзоры клинической микробиологии . 4 (4): 422–438. DOI : 10,1128 / cmr.4.4.422 . ISSN 0893-8512 . PMC 358210 . PMID 1747860 .   
  40. ^ Карр, доктор Стивен М. "Центрифугирование в градиенте плотности CsCl" . www.mun.ca . Проверено 3 апреля 2017 .
  41. ^ Мартинес, Луис. «Магнитная очистка ДНК: история и недавние разработки» . Проверено 3 апреля 2017 .
  42. ^ МакКирнан, Дэниелсон, ОН, РВ (2017). Молекулярная диагностика (Третье изд.). Денвер, Колорадо: Academic Press. С. 371–394. ISBN 978-0-12-802971-8.
  43. ^ Янежич, Сандра; Штрумбель, Изток; Рупник, Майя (01.08.2011). «Использование модифицированного ПЦР-риотипирования для прямого обнаружения риботипов Clostridium difficile в образцах стула» . Журнал клинической микробиологии . 49 (8): 3024–3025. DOI : 10.1128 / JCM.01013-11 . ISSN 0095-1137 . PMC 3147761 . PMID 21632902 .   
  44. ^ Дахйот, Сандрин; Лебер, Жереми; Аргеми, Ксавьер; Франсуа, Патрис; Леме, Людовик; Прево, Жиль; Пестель-Карон, Мартина (2018-08-03). «Анализ тандемных повторов по количеству переменных с несколькими локусами (MLVA) и набор последовательностей тандемных повторов (TRST), полезные инструменты для определения подтипов Staphylococcus lugdunensis» . Научные отчеты . 8 (1): 11669. Bibcode : 2018NatSR ... 811669D . DOI : 10.1038 / s41598-018-30144-у . ISSN 2045-2322 . PMC 6076266 . PMID 30076395 .   
  45. ^ Белен, Ана; Павон, Ибарз; Дева, Мартин CJ (2009). «Мультилокусная последовательность». Молекулярная эпидемиология микроорганизмов . Методы молекулярной биологии (Клифтон, Нью-Джерси). 551 . С. 129–140. DOI : 10.1007 / 978-1-60327-999-4_11 . ISBN 978-1-60327-998-7. ISSN  1064-3745 . PMC  3988353 . PMID  19521872 .
  46. ^ Ларсен, Метте V .; Косентино, Сальваторе; Расмуссен, Саймон; Фриис, Карстен; Хасман, Хенрик; Марвиг, Расмус Ликке; Джелсбак, Ларс; Зихериц-Понтен, Томас; Ussery, Дэвид В .; Aarestrup, Frank M .; Лунд, Оле (2012-04-01). «Мультилокусное типирование последовательностей тотального генома-секвенированных бактерий» . Журнал клинической микробиологии . 50 (4): 1355–1361. DOI : 10.1128 / JCM.06094-11 . ISSN 0095-1137 . PMC 3318499 . PMID 22238442 .   
  47. ^ Шольц, Кристиан Ф. П.; Дженсен, Андерс; Lomholt, Hans B .; Брюггеманн, Хольгер; Килиан, Могенс (11 августа 2014 г.). «Новая схема типирования последовательности одного локуса с высоким разрешением для смешанных популяций Propionibacterium acnes in vivo» . PLOS ONE . 9 (8): e104199. Bibcode : 2014PLoSO ... 9j4199S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0104199 . ISSN 1932-6203 . PMC 4128656 . PMID 25111794 .   
  48. ^ Ву, Сюэлинь; У, Сяоянь; Шен, Ли; Ли, Цзяокунь; Ю, Рунлан; Лю Юаньдун; Цю, Гуаньчжоу; Цзэн, Вэйминь (2019). «Секвенирование всего генома и сравнительный анализ геномики Pandoraea sp. XY-2, нового вида, способного к биоразложению тетрациклина» . Границы микробиологии . 10 : 33. DOI : 10,3389 / fmicb.2019.00033 . ISSN 1664-302X . PMC 6361800 . PMID 30761094 .