Echinobase — это модельная база данных организмов (MOD) . Он поддерживает международное исследовательское сообщество, предоставляя централизованный интегрированный веб-ресурс для доступа к разнообразным и богатым функциональным данным по геномике эволюции, развития иглокожих и сетей регуляции генов. [1]
Доступны данные и инструменты геномных исследований для поиска, просмотра и биоинформатического анализа геномов, генов и транскриптов.
Echinobase обеспечивает критически важную инфраструктуру обмена данными для других проектов, финансируемых NIH, и повышает доступность и наглядность данных об иглокожих для более широкого сообщества биомедицинских исследований.
Echinobase предлагает два уровня интеграции для поддерживаемых видов иглокожих. Первый уровень включает полную интеграцию генома в базу данных, включая страницы генов, а также доступность геномов для BLAST, просмотр через JBrowse и загрузку через FTP. Поддержка второго уровня обеспечивает возможности BLAST, JBrowse и загрузки, но не обеспечивает интеграцию страниц гена.
Echinobase работает в облачной среде. [2] Его виртуальные машины работают в среде VMware vSphere на двух серверах с автоматической балансировкой нагрузки и отказоустойчивостью . Его программное обеспечение использует Java , JSP , JavaScript , AJAX , XML и CSS . Он также использует IBM WebSphere Application Server и базу данных IBM DB2 . Echinobase разрабатывается в тандеме с Xenbase .
Echinobase — это ресурс для исследований геномики, организованный по генным моделям и представленный с помощью генных страниц. Каждая страница гена содержит огромное количество специфичной для гена информации.